Провел операцию по депортации начальник Дальневосточного управления НКВД Г. С. Люшков, который перед этим назначением получил от И. В. Сталина инструктаж о депортации корейцев.

Следуя этим указаниям, в НКВД был сфабрикован краевой корейский повстанческий центр, который якобы готовил вооруженное восстание с целью отторжения ДВК от СССР. В целях оправдания незаконной акции депортации корейцев в ДВК незадолго до ее начала на полную мощь заработала пропагандистская машина, нагнетавшая атмосферу шпиономании. Старт ей дали две статьи, опубликованные в газете «Правда» от 16 и 23 апреля, о японском шпионаже на советском Дальнем Востоке. В них подчеркивалось, что японские шпионы орудуют в Корее, Китае, Маньчжурии и Советском Союзе и что для шпионажа используются китайцы и корейцы, маскирующиеся под местных жителей.

Г. Н. Ким, исследуя процесс депортации корейцев в своих работах, отмечал, что меморандум № 516 от 24 августа 1937 г. за подписью Ежова, адресованный Люшкову, – первый документ, раскрывающий действия НКВД по реализации директивы Сталина – Молотова. Директива в адрес Хабаровского и Приморского обкомов ВКП(б), облисполкомов и УНКВД, подписанная секретарем крайкома Варейкисом и начальником УНКВД по ДВК Люшковым, в основном продублировала содержание меморандума, однако содержала ряд дополнений по организации выселения корейцев. Это касалось сроков исполнения, в меморандуме сказано: к выселению приступить немедленно и закончить к 1 января 1938 года, а в директиве – переселение начать с 25 октября и окончить 15 октября. Во-вторых, руководство по выселению корейского населения в районах возлагалось на «тройку» в составе: уполномоченного Далькрайкома ВКП(б), уполномоченного крайисполкома и уполномоченного УНКВД. В-третьих, конкретизировался порядок оценки оставляемого корейцами имущества и расчетов с ними. И в-четвертых, предписывалось все сведения о ходе выселения доносить крайкому и крайисполкому каждую пятидневку.

По образцу областных «троек» по переселению корейского населения были образованы районные «тройки» и кустовые «тройки» по месту проживания корейцев. Низовые «тройки» несли всю тяжесть исполнения операции, районные и областные регулярно проводили расширенные заседания, на которые приглашались руководители всех ведомств: армии, транспорта, сельского хозяйства, финансов, телеграфно-почтовой связи, общественного питания, здравоохранения, культуры, образования и т. д., однако среди них не было ни одного приглашенного представителя корейской национальности.

По плану депортации корейцев из ДВК устанавливались «три очереди», причем первая очередь указывалась уже в сталинско-молотовском постановлении от 21 августа 1937 г.: «Выселение начать с Посьетского района и прилегающих к Гродеково районов». Вторую и третью очередь краевое руководство определило после принятия в начале сентября ряда постановлений СНК СССР о «переселении корейцев» без упоминания о пограничных районах, руководствуясь при этом критерием удаленности районов выселения от внешних границ и хронологией исполнения.