В начале 1941 г. Люшкова перевели на работу в гражданское учреждение «Това кенку дже» (Бюро по изучению Восточной Азии), являющееся фактически филиалом японской военной разведки. В обязанности входило изучение и анализ агентурных материалов, сведений радиоразведки и приграничных наблюдательных пунктов, а также показаний перебежчиков из Советского Союза. На основе этих материалов бывший чекист готовил аналитические сводки о положении в СССР. Так, в частности, Люшков подготовил критические заметки к «Краткому курсу истории ВКП(б)», проанализировал материалы стенографического отчета XVIII съезда партии603.

«Японцы активно использовали Люшкова и в пропагандистской войне против СССР. Подготовка антисоветских пропагандистских материалов и документов концентрировалась в 8-м секторе разведывательного отдела японского Генштаба. Сотрудники этого сектора привлекали в качестве эксперта Люшкова. При его участии было подготовлено несколько радиовыступлений, которые в дальнейшем японцы распространяли с передвижных радиостанций и громкоговорительных установок на территорию Советского Союза. В конце 1942 – начале 1943 г. по просьбе японского командования Люшков неоднократно выезжал в районы действия Квантунской и Корейской армий. Здесь он участвовал в разработке разведывательных и контрразведывательных операций, направленных против советских спецслужб.

К этому времени уже мало кто знал, что этот эксперт по Советам, работающий в „Това кенку дже“, в недалеком прошлом бывший чекист, комиссар госбезопасности 3-го ранга и орденоносец Генрих Самойлович Люшков. Благодаря японской разведке Люшков получил новые документы на имя некоего Маратова, обзавелся несколькими квартирами в разных районах Токио, постоянно переезжая с одной на другую. Маратова – Люшкова постоянно сопровождала вооруженная охрана (японцы всерьез опасались за жизнь перебежчика). Обустроена была и личная жизнь бывшего начальника УНКВД. Его познакомили с вдовой-японкой, которая в прошлом жила во Владивостоке и немного говорила по-русски. Теперь все свободное время Люшков проводил в окружении этой женщины, четырех полицейских охранников и личного переводчика. Если приходилось выезжать на материк, то, как правило, Люшкова снабжали документами на другое имя. Так, во время своей командировки в 1944 году в Харбин он проживал в гостинице „Нью-Харбин“ под видом японского служащего Като Тадаси»604.

Органы «Смерш» в период Великой Отечественной войны, после оккупации Маньчжурии предприняли поиски изменника Родины Люшкова.

В ходе допроса арестованного японского гражданина Такеока Юсаки было установлено, что 26 ноября 1941 г. он встречался с Люшковым в Дайрене. С его слов, о нем много писали в японских газетах и журналах как о перебежчике из Советского Союза. Он занимал в СССР большой пост и имел высокое военное звание. Вместе со статьями в газетах и журналах помещались его фотографии.