22 августа 1988 года, в день, когда власти должны были освободить Ньютона из тюрьмы, он предпочёл остаться в заключении и объявил о пресс-конференции на следующий день. Там он сказал, что не выйдет из тюрьмы, пока власти не освободят Пратта. Однако Пратт попросил Ньютона выйти на свободу и помочь ему извне.[987]

Оказавшись на свободе, Хьюи Ньютон работал с адвокатом Пратта и произносил речи за его освобождение. Летом 1989 года "Чёрные пантеры" восточного побережья возобновили выпуск газеты "Чёрные пантеры". Ньютон позвонил им и сказал, что хочет воссоединиться и перезапустить "Чёрные пантеры" на восточном и западном побережьях.[988] По сообщениям американской разведки, Ньютон ещё находился под наблюдением, и эти действия, вероятно, привели к его ранней смерти.

22 августа 1989 года, в годичную годовщину отказа Ньютона покинуть тюрьму ради Джеронимо Пратта, вооружённый человек убил Ньютона в Окленде. После незначительного обвинения за хранение оружия Ньютон ходил безоружным. Нападавший выстрелил в Ньютона 3 раза, в том числе дважды в голову, когда он уже лежал на земле.[989]

В дополнение к дате годовщины, многие другие аспекты убийства Ньютона наводят на мысли, что это сделала американская разведка. Газета "Сан-ФранцискоЭкзаминер" поймала лейтенанта полиции Окленда Майка Симса на неоднократной лжи об убийстве. Когда Симс заявлял, что у полиции “нет подозреваемых, нет улик”, газета сообщила, что полиция сняла на видео арест трёх мужчин недалеко от места происшествия в течение нескольких минут после убийства. Позже Симс сказал, что было арестованы только двое, ни один из которых не связан с убийством Ньютона. Полиция Окленда исправила Симса на следующий день, заявив, что эти двое являются подозреваемыми, а потом было названо имя и предъявлено обвинение только одному. Важно отметить, что на этой пресс-конференции с Симсом беседовал ответственный специальный агент ФБР Ричард Хелд.[990]

ФБР и полиция утверждали, что обвиняемый стрелок, Тайрон Робинсон, по-видимому, действовал в целях самообороны, когда Ньютон вытащил пистолет после ссоры из-за денег, которые задолжал Робинсону за кокаин. Более раннее заявление полиции о том, что они не нашли на месте происшествия пистолета, принадлежащего Ньютону, противоречит этому утверждению. В отчёте также не объясняется, почему стрелок всадил две дополнительные пули в голову Ньютона, когда он уже лежал на улице от первой пули. Как описал спецназовец для статьи, не относящейся к делу, всадить две дополнительные пули в голову — это фирменный приём при боевой военной экзекуции.[991]