Однако уже в конце правления Жигимонта Августа альтернативный Вильне центр политической жизни вне всякого сомнения находится в Гродно, где проходит приём крупных делегаций разных стран, запечатлённый на известной гравюре Гродно, авторства Матея Цюндта, и собираются сеймы страны, на которых король ведёт подготовку к унии Польши и ВКЛ.

Приём в Гродно турецкого посольства. Гравюра Цюндта, 1568 год.

После объединения стран в конфедерацию, правителем недавно созданной Речи Посполитой вскоре становится Стефан Баторий. Именно личный выбор этого монарха, выделявшего Гродно среди других населённых пунктов страны, в значительной степени предопределил будущее возвышение его любимой резиденции, и это в итоге позволило городу над Неманом обойти даже Вильню, став фактической столицей ВКЛ.

Баторий построил в Гродно, по воспоминаниям французского путешественника XVII века Дюпонта, «один из красивейших королевских домов в королевстве», что, разумеется, было существенным фактором, предопределяющим внимание следующих монархов Речи Посполитой к гродненскому замку.

Вектор возвышения Гродно, намеченный Баторием, укрепляет статус города, зафиксированный, например, в книге немецкого историка Цайлера, изданной в 1647 году. В ней Гродно называется «выдающимся» и «вторым после Вильни».

Основной резиденцией монархов в это время является Варшава. Гродно стоял как раз на активно используемой дороге между столицей ВКЛ Вильней и главной резиденцией королей и великих князей в Польше. При этом Брест оказался в стороне от кротчайшего пути правителей из фактической столицы Короны в столицу Княжества.

В 1673 году Христофор Пац добивается так называемой «литовской альтернативы», то есть проведения сеймов Речи Посполитой на территории ВКЛ. Сеймовым городом Литвы назначается Гродно. Подобно Бресту, который был некогда «второй сеймовой столицей» Княжества, Гродно превращается во вторую столицу всей Речи Посполитой. Теперь это главный город Литвы, хотя, в несколько парадоксальном ключе, он не имеет своего воеводства, которое есть у Бреста.

Тем не менее, в самом конце существования Речи Посполитой Гродно, вне всякого сомнения — фактическая столица ВКЛ, где и переворачиваются заключительные страницы существования Княжества, в частности, проходит последний сейм Речи Посполитой, после которого происходит восстание Костюшко, а после этого — плен последнего великого князя Станислава Августа Понятовского в городе над Неманом, и отречение злосчастного монарха от престола.

После присоединения Берестейщины и Гродненщины к Российской империи, статус Гродно был так высок, что изначально именно город над Неманом был назначен центром края, хотя вскоре столица переместилась в Вильно.