В период распада СССР, профессор подвергся преследованиям со стороны новой власти. После опубликованной им в 1990 году книге «Земля обвиняет» – о деятельности УПА, 23 июня 1993 года его «удалили» из Институте общественных наук западноукраинского отделения АН Украины под благовидным предлогом реоганизации Института и ликвидации отдела. С тех пор, в течение почти десятилетия, Масловский оставался безработным, живя на небольшую пенсию, которую получал как инвалид Великой Отечественной войны. Тем не менее, учёный продолжал работать над научными трудами.
Работа Виталия Масловского вызывала крайнее недовольство апологетов ОУН-УПА. В его адрес поступали многочисленные угрозы расправы, как через прессу, так по телефону и в личном общении.
В 1999 году за пределами Украины вышла очередная книга Виталия Масловского – «С кем и против кого воевали украинские националисты в годы Второй мировой войны». Отдельные главы из неё в предыдущие годы публиковались во львовской газете «Вильна Украина», что вызвало очень резкую реакцию со стороны националистов. Была развёрнута активная кампания по дискредитации учёного в прессе.
К концу 1999 года доктор исторических наук Масловский завершал свою очередную книгу – «Танго смерти»: о холокосте и роли ОУН-УПА в его проведении. В процессе работы над ней, профессор обработал много новых, ранее неизвестных науке исторических источников. Но – окончить свою работу отважный историк не успел.
27 октября 1999 года профессор Виталий Масловский был найден мёртвым в подъезде своего дома во Львове. Смерть наступила в результате черепно-мозговой травмы и перелома шейного участка позвоночника. Похоронен Виталий Иванович Масловский – по его давнему желанию – на своей родине, неподалёку от места, где лежат его родители.
Историк активно участвовал в работе русского движения Западной Украины, выступал на конференциях и съездах с аналитическими докладами о перспективах русско-украинских отношений. Сторонники профессора Масловского восприняли его смерть, как политическое убийство, подобное убийству Ярослава Галана. Конфедерация русских общин западных областей Украины обратилась к местным и центральным органам власти с требованием провести детальное расследование гибели учёного и всех обстоятельств, связанных с этим происшествием. Несмотря на это, убийцы Виталия Масловского так и не были найдены.
В 2005 году была переиздана одна из работ учёного – брошюра, напечатанная ещё в 1997 году, под названием «Трагедия галицкого еврейства».