Второй этап деятельности ОГБ связан с организацией январе 1942 г. Центральной оперативно-чекистской группы (ОЧГ) НКВД по БССР, когда белорусская спецслужба, по сути, была вновь восстановлена в самостоятельный субъект национальной безопасности. Это был этап, когда белорусские органы государственной безопасности действовали относительно самостоятельно и в соответствии со своим непосредственным предназначением.

Обстановка, складывающаяся на фронте, расширение задач органов государственной безопасности обусловили необходимость реорганизации НКВД. В связи с этим 14 апреля 1943 г. Постановлением ЦК ВКП(б) и соответствующим Указом Президиума Верховного Совета СССР было юридически закреплено решение об образовании Народного комиссариата государственной безопасности СССР на базе выделенных из НКВД «оперативно-чекистских управлений и отделов». Рядом распорядительных документов были определены его структура и задачи, среди которых первостепенное место заняли разведывательная и контрразведывательная работа[4]. Несмотря на то, что юридически этот факт создания НКГБ БССР закреплен Указом Президиума Верховного Совета БССР лишь 3 декабря 1943 г.[5], фактически третий этап деятельности ОГБ начался с воссоздания самостоятельного Наркомата государственной безопасности в мае 1943 г.[6] и длился до освобождения территории Беларуси от оккупантов в июле 1944 г.

Автор считает необходимым обратить внимание на тот факт, что при преобразовании ОЧГ НКВД по БССР в НКГБ БССР, основные задачи Оперативно-чекистской группы (разведка и контрразведка) остались основными задачами Наркомата государственной безопасности. Кроме того, весь период деятельности Оперативно-чекистской группы НКВД по БССР ее руководство имело право принятия самостоятельных управленческих решений, отчитывалось не только в Наркомат, структурным подразделением которого ОЧГ являлась, но и напрямую вышестоящим партийным и советским органам. Фактически эта структура являлась отдельным субъектом национальной безопасности, и ее полномочия в корне отличались от полномочий Наркомата внутренних дел, в который она формально входила. Поэтому представляется логичным вывод, что начальной точкой в деле восстановления белорусской спецслужбы стало создание Оперативно-чекистской группы НКВД по БССР.

Структура органов государственной безопасности, сформированная под влиянием объективных факторов в 1943 г., оставалась оптимальной и после освобождения территории Белоруссии от германской оккупации, не подвергаясь значительным реформам вплоть до преобразования наркоматов в министерства в 1946 г.