Пятью месяцами позже был издан следующий высочайший манифест: «Мы, Александр II и т. д., уступая пожеланиям народа Коканда стать Российскими подданными и также признавая абсолютную невозможность восстановления в ханстве мира и спокойствия любыми другими средствами, приказываем немедленно включить Кокандское ханство в наши владения. Отныне оно должно именоваться «Ферганской областью» нашей Империи».
Следует отметить, что на аннексии Коканда настаивали военные. 27 января 1876 г. генералы Милютин и Кауфманн были приняты царем. Они принесли с собой план окончательного включения Коканда в Российскую империю и укрепления войска в Туркестане. Царь, чьи дипломаты совсем недавно уверяли британцев, что дальнейшие военные экспедиции отменяются, колебался, но наконец должен был принять неизбежное. С Горчаковым даже не консультировались.
Царь предоставил Милютину и Кауфманну объяснить канцлеру империи, что он заочно был отстранен. Милютин был удовлетворен. Поражение Горчакова обрадовало его, поскольку именно канцлер «всегда выступал против любого расширения наших владений в Азии».
Аннексия Коканда не удовлетворила сторонников экспансии и только возбуждала их аппетит, вынуждая требовать большего. Российское общество вошло в период длительного кризиса. Обещания первых лет царствования Александра II не были выполнены. Его реформы не могли полностью изменить процесс социального и духовного распада. Безответственный высший класс, состоявший из владеющих землей дворян, не потерял своей политической силы, несмотря на ненадежность экономических основ, на которые опиралась эта сила. Подрастающая буржуазия, лишенная дворянством участия в определении политики государства, была занята исключительно узкой и эгоистичной целью стяжания богатства. Интеллигенция, отчужденная и рассерженная, отказалась от прежнего либерализма в пользу радикального догматизма и нетерпимости, столь же порочных, как те, что были свойственны правительству. Из ее круга вышли первые революционеры, которые объявили войну прежнему порядку и начали кампанию террора, в итоге завершившегося убийством царя в 1881 г. В такой обстановке заграничные походы, колониальные войны и завоевания были непреодолимо привлекательны для верхних слоев российского общества. Они отвлекали внимание от пугающей внутренней ситуации, создавали иллюзию национального единства и объединения сил и обеспечивали романтичный уход от горькой действительности распадающегося общественного строя.