Останки членов Царской Семьи сочли уместным похоронить в родовой усыпальнице Романовых в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга. Но если вопрос о канонизации — прерогатива Православной Церкви, то вопрос о захоронении решался свечой властью. Была создана Правительственная комиссия Российской Федерации по идентификации и перезахоронению царских останков. В Правительственной комиссии сначала преобладала та же точка зрения — хоронить в Петропавловском соборе, потом некоторые ее члены высказались за захоронение в Москве, в храме Христа Спасителя, и не только останков Царской Семьи, но и погибших с нею вместе, оставшихся верными ей Боткина и других³. Однако губернатор Свердловской области Э. Э. Россель решительно заявил, что захоронение должно производиться на месте убийства, где вместо снесенного дома Ипатьева будет возведен храм. Конец спорам положила Правительственная комиссия. Она постановила произвести похороны останков по чину царской семьи (вместе с останками лейб-медика и слуг) в Петропавловском соборе в Санкт-Петербурге, приурочив погребение к 80-летию их гибели — 17 июля 1998 г.

Следует отметить, что у руководства Патриаршей Русской Православной Церкви решении вопроса о признании подлинности найденных останков Царской Семьи возникли сомнения и недоверие. Член Правительственной комиссии митрополит Ювеналий опираясь на общее согласие Священного Синода, высказал «особое мнение»: подождать, пока наука третьего тысячелетия сможет без запятых, твердо сказать: это — Романовы и тогда, только тогда — хоронить останки из Екатеринбурга как останки Романовых. А до того — «похоронить во временной символической могиле». Позже со стороны Патриархии были сделаны заявления о возможности захоронения, но просто как жертв террора времен гражданской войны. 26 февраля Священный Синод постановил, что останки должны быть похоронены, но «лишь как предполагаемый прах царских особ и их слуг». Следует отметить, что малая часть останков сохранена для возможного продолжения исследований по идентификации.

Патриарх Алексий II не принял участия в церемонии захоронения. Не планировал своего участия в похоронах и президент Б. Н. Ельцин, но в самый последний момент изменил свое решение. Похороны состоялись с правительственно-светскими и церковными торжествами, с участием только местных священнослужителей при безымянном поминовении на заупокойных службах в Екатеринбурге, в храме Вознесения, и в Санкт-Петербурге — в Петропавловском Соборе. Церемония была определена 19 мая в основном по протоколу последних императорских проводов — Александра III. Орудийны, залпов произвели не 21, а 19, поскольку император Николай II отрекся от престола. Наконец-то пятеро из Царской Семьи вместе с четырьмя близкими людьми нашли упокоение в усыпальнице рода Романовых. Предусмотрено место еще для детей — Алексея и Марии...