Большим государством нельзя править, как поместьем. Если, подобно Ивану Грозному, проявить слишком большое упорство в приверженности к прямому, ручному управлению, запускается механизм саморазрушения.

К концу описываемого периода в жизни государства развились три тяжелые болезни: неразработанность административной системы, рудиментарность законов и всё увеличивающееся отставание от быстро развивающегося Запада, причем вторая и третья беды в значительной степени были следствием первой.

Историки XIX века прибавляли и еще одну проблему, даже считая ее главной: кризис народной нравственности. Соловьев писал, что в результате злодейств Ивана Грозного на Руси «водворилась страшная привычка не уважать жизни, чести, имущества ближнего; сокрушение прав слабого пред сильным при отсутствии просвещения, боязни общественного суда, боязни суда других народов»; что «во внешнем отношении земля была собрана, государство сплочено, но сознание о внутренней, нравственной связи человека с обществом было крайне слабо». Того же мнения придерживался и Костомаров, который возлагал вину за национальную катастрофу на «поколение своекорыстных и жестокосердых себялюбцев», выросшее в условиях тирании и массовых репрессий. Но социальная и психологическая нестабильность, так драматично проявившаяся при распаде государства в 1605 году, тоже была следствием глубокого внутреннего кризиса плохо устроенного государства.

Оно оставалось «слишком азиатским», «слишком ордынским». Примитивная вертикальность власти перестала соответствовать запросам времени. Не было настоящих ведомств-министерств, которые могли бы эффективно регулировать разные сферы государственной жизни. Не было нормально работающей структуры регионального управления. Не было развернутого свода единых правил, по которым существовала бы огромная территория площадью в миллионы квадратных километров.

Вся гигантская пирамида держалась на одном стержне: фигуре самодержца, который единственный принимал решения, вплоть до самых мелких. Если совсем коротко сформулировать главную проблему «второго» государства, она состояла в том, что самодержавие еще не научилось делиться властью. Любые личные недостатки государя, аберрации характера, болезни немедленно сказывались на состоянии всей страны.

Степень прочности подобной системы была невелика, поскольку слишком зависела от элемента нематериального: веры населения в божественное право самодержца. Когда при Годунове этот фактор перестал работать, оказалось, что государству заменить его нечем. И оно развалилось.