Раньше Пугачев после очередного поражения всякий раз быстро пополнял ряды своего воинства новыми добровольцами, но теперь взять их было неоткуда. Емельян сам ушел из крестьянских краев в малолюдные степи. Казаки соседней Донской области на его призыв не откликнулись.
Изменилась и общая ситуация. За несколько недель перед тем окончилась турецкая война, это позволило правительству перебросить в охваченный мятежом край закаленные в боях войска. Командовал ими прославившийся недавними победами генерал-поручик Суворов.
Надеяться было уже не на что. Около Пугачева оставались лишь близкие соратники, те яицкие казаки, кто когда-то поддержал его в самом начале. Эти люди придумали верный способ спастись. 8 сентября они схватили своего предводителя и неделю спустя выдали его властям. (В награду предатели были помилованы царицей, но ни награды, ни свободы не получили; все они содержались под стражей до конца жизни).
Пойманного самозванца, будто дикого зверя, в клетке, повезли в Москву через те самые земли, жители которых недавно встречали его как освободителя. В старой столице Пугачева на протяжении двух месяцев тоже показывали всем желающим – чтоб народ окончательно убедился: никакой это не Петр Федорович. После следствия над пятьюдесятью пятью главными виновными суд приговорил к смерти только шестерых – Екатерина желала выглядеть великодушной перед Европой. Двоих – самого Пугачева и его правую руку «генерал-аншефа» Афанасия Перфильева – казнили в Москве четвертованием, но тоже «гуманно», без лишних мучений: сначала отрубили головы, а конечности потом, уже у мертвых.
Прочие обвиняемые были приговорены к битью кнутом, вырезанию ноздрей и отправке либо на каторгу, либо на поселение в отдаленные края. Семья Пугачева, включая обеих жен и детей, была осуждена на пожизненное заточение в крепость Кегсгольм – чтобы не служили живым напоминанием о самозванце. Последней умерла дочь Аграфена Емельяновна, уже в 1833 году. Наказали даже станицу Зимовейскую, произведшую на свет такого злодея. Ее перенесли на другое место и переименовали в Потемкинскую.
Пойманный Пугачев в клетке.
Но умеренными казни были только на виду у иностранцев. На периферии местные власти и воинские начальники расправлялись с пойманными мятежниками жестоко и беспощадно. Н. Павленко цитирует письмо саратовского воеводы: «В городе Саратове во многих местах известного государственного злодея и бунтовщика Пугачева его сообщники, злодеи ж, повешены на виселицах, а протчие положены на колесы, руки и ноги их воткнуты на колья, кои и стоят почти чрез всю зиму…». По дорогам торчали виселицы, по Волге плыли плоты с повешенными. Дворяне мстили крестьянам за перенесенный страх. Общее число казненных никто не подсчитывал, но, вероятно, их было несколько тысяч. Десятки тысяч были высечены, изуродованы или отправлены на каторгу.