Связав зародившуюся у Прохарчина мысль о накоплении капитала с трагическим ощущением им непрочности положения «маленького человека», на которого со всех сторон ежеминутно надвигаются грозные опасности, вроде экзаменов, «уничтоженной» канцелярии или сдачи его в солдаты за вольнодумство, Достоевский продолжил разработку того комплекса социально-психологических проблем (в значительной степени связанных с идеями утопического социализма), который стоял в центре его внимания уже в «Бедных людях» и «Двойнике». Николаю I молва приписывала слова о том, что его бюрократическая система основана на правлении 5000 столоначальников. По предположению М. С. Альтмана, если вспомнить эту популярную в 1840-х годах фразу царя, напрашивается вывод, что за слухами о близости закрытия «канцелярий», в которых служат герои, в рассказе скрыта мысль о непрочности не только их личного существования, но также и самого николаевского режима. Это объясняет те цензурные затруднения, с которыми автор столкнулся при печатании рассказа.

Имя героя рассказа встречается в «Двойнике». Здесь Семеном Ивановичем звали чиновника, на место которого был взят в департамент Голядкин-младший (см. с. 196 наст. тома). Фамилия же Прохарчин образована от слова «харчи» и, вероятно, содержит иронический намек на трагическую судьбу героя: «прохарчился» (см. в «Двойнике» другую форму того же слова: «исхарчился» (наст. том, с. 204)). В то же время она должна была в 40-х годах восприниматься в контексте аналогичных имен гоголевских героев (Поприщин).

После выхода в свет книжки журнала, где был помещен рассказ, Достоевский 17 октября 1846 г. писал брату: «„Прохарчина“ очень хвалят. Мне рассказывали много суждений». Однако печатные отзывы критики 1840-х годов о «Прохарчине» не были благоприятны. Наиболее развернуто высказался о нем Белинский в статье «Взгляд на русскую литературу 1846 года». Критик писал: «В десятой книжке „Отечественных записок“ появилось третье произведение г. Достоевского, повесть „Господин Прохарчин“, которая всех почитателей таланта г. Достоевского привела в неприятное изумление. В ней сверкают яркие искры большого таланта, но они сверкают в такой густой темноте, что их свет ничего не дает рассмотреть читателю… Сколько нам кажется, не вдохновение, не свободное и наивное творчество породило эту странную повесть, а что-то вроде… как бы это сказать? — не то умничанья, не то претензии… Может быть, мы ошибаемся, но почему ж бы в таком случае быть ей такою вычурною, манерною, непонятною, как будто бы это было какое-нибудь истинное, но странное и запутанное происшествие, а не поэтическое создание? <…> Мы не говорим уже о замашке автора часто повторять какое-нибудь особенно удавшееся ему выражение (как например: Прохарчин мудрец!) и тем ослаблять силу его впечатления, это уже недостаток второстепенный и, главное, поправимый. Заметим мимоходом, что у Гоголя нет таких повторений. Конечно, мы не вправе требовать от произведений г. Достоевского совершенства произведений Гоголя, но тем не менее думаем, что большому таланту весьма полезно пользоваться примером еще большего».