«Записки из Мертвого дома» впервые творчестве писателя ставят вопросы о причинах преступления, исследуют психологию преступника — темы, которые займут столь важное место в романах и повестях позднейшего Достоевского. Если в 1840-х годах вопрос о причинах преступности интересовал писателя чисто теоретически, то каторга дала обильный реальный материал для его решения. Главные объективные причины преступлений Достоевский видел в несовершенстве общественных условий, в конфликте между личностью и обществом. Хотя для Достоевского этого периода характерно объяснение вины преступника объективными обстоятельствами, уже в «Записках» звучит недоверие к «теории среды» (ч. 2, гл. II). Эта точка зрения, выдвинутая французскими материалистами, приводит, как пишет Достоевский, к тому, «что чуть ли не придется оправдать самого преступника». Впоследствии «философия среды», взаимоотношения между личностью и обществом будут особенно интересовать его. Эти темы прозвучат в художественных произведениях Достоевского и в его публицистических статьях, где писатель вступит в полемику со сторонниками «теории среды». Достоевский противопоставит им идею нравственной ответственности личности.

Постепенно автор всматривается в толпу разбойников и убийц, и мрачные картины первых глав уступают место образам, написанным иными красками «Люди везде люди. И в каторге между разбойниками я, в четыре года, отличил наконец людей», — писал Достоевский брату в письме от 30 января — 22 февраля 1854 г. Глава «Представление» опровергает мысль о природной, биологической предрасположенности человека к преступлению. Он — «несчастный» (как называет преступника народ), а не прирожденный злодей и убийца. Позволили людям пожить не «по-острожному» — и человек нравственно меняется.

Во второй части возникает и тема наказания. В «Записках» наказание понимается только как внешнее, юридическое, а не внутреннее, нравственное наказание. Писателя волнует жестокость, бессмысленность наказания, вопрос о соразмерности наказания и вины преступника. Мотив добровольного страдания, идущий из раскола, также впервые звучит в творчестве Достоевского в «Записках из Мертвого дома» — в рассказах о старике старообрядце, у которого «было свое спасение, свой выход: молитва и идея о мученичестве», и об арестанте, начитавшемся Библии и решившем убить майора, чтобы найти «себе исход в добровольном, почти искусственном мученичестве». Одно из основных требований «бегунов» — «принять страдание» — Достоевский распространял впоследствии на весь русский народ, жаждавший страдания «искони веков» («Дневник писателя». 1873. Гл. V. «Влас»). Арестант, кинувшийся с оружием на начальство и «принявший страдание», появляется вновь в «Преступлении и наказании», где идея страдания, которым все очищается, станет одной из главенствующих. В «Записках» же «добровольное страдание» рассматривается лишь как форма протеста личности, доведенной до отчаяния.