Такое соображение окончательно разрешило все недоумения редакции. Главное — она победоносно отстояла повесть и печатает ее, хотя бы и очень могла без нее обойтись, имея уже достаточный комплект статей и ровно столько листов, сколько ею было первоначально обещано публике для каждого номера «Эпохи», но, не стесняясь этим обещанием, редакция прибавляет и эти лишние листы. Если уж завелись на свете «лишние люди», почему же не случиться в журнале и лишним листам?

В 1860-х годах Достоевский вел дискуссию с демократической журналистикой — «Современником» и «Русским словом». Не менее ожесточенно полемизировал он и с консервативными и либеральными органами — «Русским вестником» M. H. Каткова, «Голосом» и «Отечественными записками» А. А. Краевского. Все это нашло отражение в «Крокодиле». В своих речах герой рассказа как бы синтезировал различные по своей общественно-политической окраске, но в равной степени неприемлемые для Достоевского идеологические концепции, носителей которых писатель склонен был упрекать в книжном абстрактно-«теоретическом» подходе к действительности и в отрыве от «живой жизни». Воспользовавшись острокомической, гротескной ситуацией, Достоевский язвительно пародировал как радикальные воззрения вульгарных материалистов, «нигилистов» «Русского слова» — В. А. Зайцева и Д. И. Писарева, так и философско-эстетические и социально-экономические теории сотрудников «Современника». При этом следует отметить, что, создавая фигуру главного героя рассказа, либерального чиновника, проглоченного крокодилом, Достоевский опирался на сатирическую характеристику «нигилистов» в статье Салтыкова-Щедрина «Наша общественная жизнь», направленной против «Русского слова». В статье сказано, что «вислоухие», «нигилисты» — «не что иное, как титулярные советники в нераскаянном виде, а титулярные советники суть раскаявшиеся нигилисты» (Салтыков-Щедрин М. Е. Собр. соч. М., 1968. Т. 6. С. 234).

Появление повести в печати вызвало резкие полемические отклики. Издатель высмеянной в рассказе газеты «Голос» Краевский выдвинул против автора обвинение в том, что «Крокодил» — памфлет на осужденного и 1864 г. правительством Александра II и сосланного в Сибирь Н. Г. Чернышевского. Краевский намекал, что Иван Матвеевич, проглоченный крокодилом и проповедующий из его чрева, — карикатура на Чернышевского, написавшего в Петропавловской крепости роман «Что делать?», а его легкомысленная и недалекая жена — шаржированное изображение О. С. Чернышевской. Достоевский, как только ему представилась возможность, выступил в печати с опровержением этой сплетни, не побоявшись открыто высказать сочувствие ссыльному Чернышевскому.