Особенно густо выправлена первая часть романа, а во второй — первая и последние главы. Некоторые записи — наметки для будущих переделок — остались невоплощенными.

На титульном листе машинописи помета Елены Сергеевны: «Экземпляр с поправками во время болезни (1939–1940) — под диктовку М. А. Булгакова мне». На первой странице тетради поправок и дополнений (Ф. 562. К. 10. Ед. хр. 1) ее же помета: «Писано мною под диктовку М. А. во время его болезни 1939 года. Окончательный текст. Начато 4 октября 1939 г. Елена Булгакова».

10 марта 1940 г. Михаил Булгаков скончался. Публикация романа стала смыслом жизни Елены Сергеевны Булгаковой.

Она перепечатала роман своими руками, стала его первым редактором. Это был очень непростой труд — после смерти автора приводить в порядок роман, писавшийся на протяжении многих лет, законченный, но не завершенный, правленный многократно, слоями и не подряд, с поправками, которые были отменены последующими, но не вычеркнуты, с намеками на поправки, которые, будучи помечены в одном месте, должны были быть и не были перенесены в соответствующие другие места текста.

Нужно было разобрать не всегда ясные пометы о заменах и перестановках, снять опечатки и описки и каждый раз определить, действительно ли это опечатка или описка. Елена Сергеевна знала, что Булгаков хорошо помнил ранние редакции своего романа, иногда возвращался к старым, казалось бы, отброшенным художественным решениям, и в затруднительных случаях, ища ответы на неясности, сама обращалась к предыдущим редакциям, интуитивно действуя как текстолог.

Переписывая, внесла в текст и ряд мелких стилистических поправок, некоторые изменения в делении на абзацы, уточнения пунктуации. И это связано с тем, что роман не завершен, что последняя редакция его в основном диктовалась и описки или неточности пунктуации могли принадлежать машинистке (в ряде случаев такой машинисткой была она сама), что многие страницы и даже целые главы попросту не были Булгаковым вычитаны.

Роман был перепечатан Еленой Сергеевной не менее двух раз — в 1940 г. и в 1963-м. Первый из этих двух списков (точнее, тусклый, 3-й или 4-й, экземпляр машинописи) сохранился в бумагах П. С. Попова в ОР ГБЛ. Ф. 547. К. 11. Ед. хр. 2–3. Второй уцелел в фотокопии, снятой в 60-е годы (в фондах ОР ГБЛ отсутствует).

Особая ценность этих списков обозначилась тогда, когда выяснилось, что рукописи последней редакции романа, рукописи, с которыми Е. С. работала, приводя в порядок роман, сохранились не полностью. С уверенностью можно сказать, что недостает одной тетради (в Протоколе о поступлении рукописей Булгакова в ОР ГБЛ в 1966 г. значится на одну тетрадь романа «Мастер и Маргарита» больше, чем имеется в наличии); по-видимому, отдельных вкладных листов — с текстами начала 1-й главы и начала главы 5-й, описанием приключений Ивана в чужой квартире в главе 4-й и др.; возможно, каких-то записей. Таким образом, полностью последняя редакция романа дошла до нас только в списках Е. С. Булгаковой.