Немодифицированные пробиотики, такие как Lactobacillus GG с его противовоспалительным действием, могут также быть полезны для профилактики развития экземы и других аллергических расстройств. Недавно были проведены клинические испытания, в ходе которых исследователи давали эту пищевую добавку беременным женщинам из предрасположенных к аллергии семей, в то время как контрольная группа таких же испытуемых получала плацебо. Родившиеся у испытуемых экспериментальной группы дети тоже получали эту пищевую добавку (ее подмешивали в материнское молоко или в молочную смесь). В возрасте шести месяцев среди младенцев, получавших пробиотик, было вдвое меньше страдающих от экземы, чем среди младенцев из контрольной группы. Дальнейшие исследования показали, что защитный эффект пробиотика сохранялся у этих детей и в четырехлетнем возрасте³⁵. В ходе других испытаний Lactobacillus GG помогал облегчить симптомы экземы у младенцев, у которых этот синдром уже развился по пятам пищевой аллергии³⁶.

Кроме того, опыты на животных показали эффективность Lactobacillus GG, препарата VSL#3 и других пробиотиков для профилактики аутоиммунных заболеваний, таких как сахарный диабет³⁷. В 2006 году шведские исследователи из Линчёпингского университета впервые провели подобные испытания на людях, задействовав двести новорожденных, которые, судя по генетическим маркерам, имели сильную предрасположенность к аутоиммунной форме диабета. Пробиотическая добавка, эффективность которой проверяли в ходе этих испытаний, включала четыре живых организма: Lactobacillus GG, его близкого родственника Lactobacillus rhamnosus LC705, одну из бифидобактерий и один из штаммов бактерии Propionibacterium freudenreichii, используемой в производстве швейцарских сыров³⁸. Когда последним из испытуемых детей исполнится пять лет (в июне 2010 года), исследователи расшифруют условные обозначения и узнают, кто из младенцев получал пробиотик, а кто – плацебо, а затем оценят, принес ли пробиотик пользу тем, кто его принимал.

Учитывая, как стремительно развивается иммунная система во младенчестве, вполне может оказаться, что добавлять таких бактерий в пищу младенцев крайне полезно. Не столь очевидно, окажутся ли пробиотики полезны детям постарше и взрослым, особенно тем, у кого уже развились воспалительные заболевания. Исследователи, проверявшие гигиеническую гипотезу, такие как Дейл Умэцу из Гарварда и Грэм Рук и Джон Стэнфорд из Университетского колледжа Лондона, были первыми, кто пытался найти полезным бактериям более широкое иммунологическое применение. Они отбирали виды с необычайно сильным действием на иммунную систему, а затем использовали убитые клетки этих видов в качестве основы для вакцин (Умэцу использовал листерий, а Рук и Стэнфорд – микобактерий). В 2006 году две другие исследовательские команды совершили следующий прорыв в том направлении, основы которого заложили эти три новатора. Результатом их разработок стали два набора вакцин, в которых используются заимствованные у бактерий компоненты, но сами бактерии не содержатся.