Союзники не ограничились, мягко говоря, поспешным отступлением. Англичане потребовали, чтобы для их безопасности при погрузке неаполитанское правительство выделило крепость Гаэту. Вероятно, это было уже слишком даже для неаполитанской королевы. Комендант Гаэты получил приказание не пускать английские войска на территорию крепости. В результате англичане произвели посадку на суда в Кастела-Маре южнее подножия Везувия, а русские – в заливе Байя. Посадка прошла с 18 по 20 января, а 21 января 1806 г. русская эскадра подняла паруса и взяла курс на юг. Англичане сделали это еще раньше. Неаполитанское королевство было предоставлено своей судьбе…

В то время, когда происходили эти события, франко-австрийские переговоры были уже завершены. Начавшись в Брюнне, они были перенесены затем в Прессбург (современная Братислава). Этот город находился на демаркационной линии, проведенной между французской и австрийской армиями. С французской стороны вся рутинная работа по переговорам осуществлялась министром иностранных дел Талейраном, однако все принципиальные вопросы решались самим Наполеоном. 12 декабря 1805 г. он прибыл из Брюнна в загородный дворец австрийского императора Шенбрунн. Отсюда он руководил переговорами, здесь же он непрерывно проводил смотры своих войск, которые спешно пополнялись подкреплениями. В случае неудачи переговоров должны были снова заговорить пушки. Однако, после того как Пруссия договорилась о союзе с Наполеоном, австрийские представители стали уступчивее. Они вынуждены были согласиться почти на все условия, на которых настаивал французский император, и 26 декабря 1805 г. Прессбургский мир был подписан.

Согласно условиям этого договора Австрия потеряла значительную часть своих земель. Самой чувствительной потерей была блистательная Венеция с Венецианской областью, Фриуль, Истрия (кроме Триеста) и Далмация, которые были присоединены к Итальянскому королевству.

Одновременно австрийский император вынужден был отказаться от Тироля, который переходил во владения Баварии. Правда, в обмен Австрия получала княжество Зальцбургское и Берхтольсгабен, которые в 1803 г. перешли во владения эрцгерцога Фердинанда, бывшего великого герцога Тосканского. Бавария возмещала потери эрцгерцогу, уступив ему церковные земли Вюрцбурга, которые она также получила в 1803 г. Несмотря на эту маленькую компенсацию, потеря Тироля, одного из самых древних владений Габсбургского дома, была, пожалуй, наиболее болезненна для австрийской монархии. Территориальные приращения за счет Австрии получал и герцог Баденский. Он приобрел Ортенау, часть Брейсгау и Констанц. Наконец, Вюртемберг также округлил свои владения за счет пяти городов на Дунае, части Брейсгау и Швабии. В общем, австрийская монархия потеряла 4 млн подданных (из 24 млн) и 15 млн флоринов годового дохода (из 103 млн).