Князья Иван Фёдорович Мстиславский, Шуйские, Воротынские, боярские фамилии Колычевы, Головины и др. составили враждебную Борису партию. Против Бориса были также митрополит Дионисий, тщетно старавшийся примирить Бориса с его соперниками и считавший своим долгом печаловаться пред царём за гонимых Борисом людей. Чтоб подрезать в корне могущество Бориса, враждебная ему партия, имея на своей стороне многих московских купцов, собралась подать царю челобитную о разводе с бездетной Ириной и вступлении в новый брак «царского ради чадородия». Но Борис при своём влиянии на царя и при любви последнего к Ирине, а также благодаря своей ловкости осилил своих противников, и дело кончилось пострижением князя Ивана Фёдоровича Мстиславского, ссылкой Шуйских, в том числе Ивана Петровича, свержением митрополита Дионисия и вообще опалой их сторонников. На место Дионисия был посвящён в митрополиты ростовский архиепископ Иов, вполне преданный Борису человек. Теперь у Бориса не было более соперников: он достиг такой власти, какой не имел ни один из подданных.

Всё, что делалось московским правительством, делалось по воле Бориса, он принимал иностранных послов, переписывался и передаривался с иностранными государями: цесарем императором австрийским, королевой английской, ханом крымским (разрешение сноситься с иностранными государями было дано Борису официально в 1587 г.).

Внешняя политика за время правления Бориса отличалась осторожностью и преимущественно мирным направлением, так как Борис сам был неискусен в ратном деле и по характеру своему не любил рискованных предприятий. С Польшей, от которой в предыдущее царствование понесли тяжёлые поражения, старались поддерживать мир, хотя и путём перемирий, а в 1586 г., когда скончался король Стефан Баторий, сделана была попытка, впрочем неудавшаяся, устроить избрание в польские короли царя Фёдора Иоанновича или Максимилиана, эрцгерцога австрийского, С Швецией в 1590 году, когда убедились, что Польша не окажет ей помощи, начали войну, причём сам царь выступал в поход в сопровождении Бориса и Фёдора Никитича Романова. Благодаря этой войне возвращены были отнятые шведами при Иоанне Грозном города: Ям, Иван-город, Копорье и Корела (последний по миру 1595 г.).

Отношения с крымскими татарами были натянутые вследствие их частых набегов на южную окраину. Летом 1591 года крымский хан Казы-Гирей с полуторастотысячной ордой подошёл к самой Москве, но, потерпев неудачу в мелких стычках с московскими войсками, отступил, причём бросил весь обоз; дорогой хан понёс большие потери от преследовавших его русских отрядов. За отражение хана Борис получил три города в Важской земле и звание слуги, которое считалось почётнее боярского. За этот неудачный поход татары отплатили в следующем, 1592 г. нападением на Каширские, Рязанские и Тульские земли, причём увели много пленных.