Через некоторое время бояре вновь пришли к патриарху с прежними требованиями. И вновь Гермоген отказался писать Ляпунову, чтобы тот не шёл к Москве. Мало того, Гермоген снова начал обличать Салтыкова: «Я к ним не писывал, а ныне к ним стану писать. Если ты, изменник Михайло Салтыков, с литовскими людьми из Москвы выйдешь вон, и я им не велю ходить к Москве. А буде вам видеть в Москве, и я их всех благословляю помереть за православную веру, что уж вижу поругание православной вере, и разорение святым божиим церквам, и слышать латинского пения не могу!» Далее в «Летописце» сказано, что «латинское пение» Гермоген слышал из походного костёла, который ляхи устроили в палатах на старом дворе Бориса Годунова.

Бояре начали «позорить и лаять» Гермогена. В итоге патриарх был заключён под стражу. Гермоген был освобождён лишь на один день — 17 марта 1611 года в Вербное воскресенье. Ему разрешили по обычаю проехать по улицам Москвы на осле (обряд в честь въезда Христа в Иерусалим). Обычно патриарха в Вербное воскресенье сопровождали толпы москвичей. Но на сей раз за Гермогеном никто не пошёл: горожане были уверены, что поляки устроят в праздник резню.

Итак, семибоярщина и поляки лишились духовной власти и тогда вспомнили о сидевшем под надзором в Чудовом монастыре бывшем патриархе Игнатии. Его решили вернуть в сан патриарха. 24 марта 1611 года в Пасхальное воскресенье Игнатий в патриаршьем облачении провёл крестный ход и отслужил все службы в Успенском соборе. Но сей патриарх был, так сказать, местного значения. Он был надобен лишь в пределах Кремля и Белого города. Отправляя 5 октября 1611 года грамоту королю Сигизмунду, бояре даже не рискнули поставить под ней подпись Игнатия. (Естественно, что Гермоген никогда бы не подписал эту грамоту).

Боярская грамота Сигизмунду начиналась так: «Наияснейшему великому государю Жгимонту III и проч. великого Московского государства ваши государские богомольцы: Арсений архиепископ Архангельский и весь овсященный собор, и ваши государские верные подданные, бояре, окольничие» и т. д.

Грек Арсений Елассонский по указанию семибоярщины вёл службы в Архангельском соборе Кремля и посему лихими дьяками был возведён в чин архиепископа Архангельского.

Равно семибоярщина боялась упоминать патриарха Игнатия в грамотах к русским городам. И это понятно: поляки давно смеялись над русскими, что у них слишком много патриархов. А у русских людей в провинциях возник бы резонный вопрос, откуда и как появился новый патриарх, пошли бы слухи о смерти Гермогена и т. д. Вожди второго ополчения получили бы хороший козырь в борьбе с поляками и семибоярщиной.