14 июня 1619 года под Москвой у речки Пресни состоялась встреча царя Михаила и Филарета. Отец и сын поклонились друг другу в ноги и долго стояли в этом положении. Затем Филарет сел в карету, а царь Михаил пошёл пешком впереди кареты.

По случаю возвращения Филарета в Москву пригласили иерусалимского патриарха Феофана, пообещав богатые подарки. Тот охотно согласился. Вместе с русскими владыками Феофан предложил патриарший престол Филарету, «ибо знали, что он достоин такого сана, особенно же потому, что он был царский отец по плоти, да будет царствию помогатель и строитель, сирым защитник и обидимым предстатель». Филарет традиционно вначале отказывался, а потом согласился. Посвящение его в сан состоялось 24 июня 1619 года.

С возвращением Филарета в стране началось двоевластие. Филарет официально получил титул Великого государя. И титул этот был не формальным. Все государственные дела докладывались обоим государям, решались обоими, иностранные послы представлялись также обоим государям, подавали двойные грамоты и подносили двойные дары.

Один из современников описывал Филарета в 20-х годах XVII века: «Был роста и полноты средних, божественное писание разумел отчасти, нравом был опальчив и мнителен, а такой владетельный, что и сам царь его боялся. Бояр и всякого чина людей из царского сиклита томил заточениями необратными и другими наказаниями. К духовному сану был милостив и не сребролюбив, всеми царскими делами и ратными владел». Двоевластие продолжалось до самой смерти Филарета в 1631 году.

В «царствование» Филарета любимцы инокини Марфы Салтыковы были отстранены от власти и сосланы. В свою очередь, фаворитом Филарета стал князь Борис Александрович Репнин.

Ни Марфа, ни Филарет, ни сам Михаил не пытались разобраться в истоках Смуты или даже подготовить детальное описание событий Смутного времени. Наоборот, они сделали всё, чтобы спрятать концы в воду. В результате позднейшим историкам с большим трудом пришлось разбирать завалы из мифов, придуманных в царствование Михаила. Так, в спорах о личности самозванца Лжедмитрия I никто из историков не обратил внимания на любопытный момент, отмеченный церковным историком Д. Лавровым: «Что сказано было Годуновым о первом Лжедмитрии при его появлении, то повторено было Шуйским и Боярскою думой после его гибели. Перед лицом Филарета и Ивана Никитичей Романовых и, конечно, с согласия их, сказано, что Отрепьев служил в юности в холопах у детей Никитичевых Романовых. И после вступления на престол Михаила Феодоровича, когда не стало уже ни одного Лжедмитрия, продолжали утверждать то же. Имя Григория Отрепьева внесено и в чин проклятия в неделю Православия. Патриарх Филарет мог бы безопасно вычеркнуть из этого списка Григория Отрепьева, если он безвинно прежде был включён сюда. А патриарх Филарет лучше других мог бы знать, что первый Лжедмитрий — не был Отрепьевым, если это действительно было так».[93]