Отрицательно относился к славянофилам и университет с попечителем графом Строгановым во главе. Не говоря об отдельных, весьма личных исключениях, Московский университет в целом, как выразитель известного общего мнения, со времени разделения двух направлений определенно стал на сторону западников и стоит на ней и до сих пор. Мы только указываем на этот факт по отношению к судьбе старого славянофильства, о значении его в истории развития самого университета здесь говорить не место, хотя в нем несомненно заключается объяснение многих черт этого развития. В частности, Ивану Васильевичу не удалось получить профессуры по философии, о которой он одно время мечтал, но, конечно, с внешней стороны отказ был вполне основателен, так как Киреевский не имел ученой степени. Единственной связью его с министерством народного просвещения была должность почетного смотрителя Белёвского уездного училища, которую он исполнял очень старательно, вникая в преподавание и успехи учеников. Он подал попечителю учебного округа две записки: в 1840 году «О направлении и мето́дах первоначального образования народа» и в 1854 году «О преподавании славянского языка совместно с русским».

В 1844 году Ивану Васильевичу неожиданно представилась возможность принять издание «Москвитянина», от которого отказывался Погодин. Киреевский решился на это, хотя официального позволения на свое имя и не получил. Он издал три книжки 1845 года, но, чувствуя себя связанным в этом деле, не имел сил продолжать издание и летом 1845 года уехал в деревню, где прожил до осени 1846 года. За это время он потерял дочь и схоронил многих друзей, в том числе Валуева и Языкова. Трогательны его письма к матери по поводу смерти последнего: сдерживая собственное горе, он думает только о том, как облегчить этот удар для своих близких.

Прежде чем перейти к трудам последних лет жизни Ивана Васильевича, взглянем на то, что было им написано за двадцать почти лет печатного молчания, включая сюда и короткое время издания «Москвитянина», то есть с 1832 по 1852 год.

Еще раньше статеек о Языкове и о русских писательницах, то есть еще во время издания «Европейца» и, кажется, для него, Киреевский начал писать роман «Две жизни», но остановился на второй главе. После этого в продолжение шести лет нам достоверно не известно ни одного его писанного труда. В это время, как мы знаем, совершался в нем перелом в старом воззрении и выработка нового. И вот от 1838 года мы имеем два небольших его произведения: в первом из них это новое воззрение выражено в художественной, во втором — в научной форме. Это — неоконченная повесть «Остров» и статья «В ответ А. С. Хомякову».