После смерти Джованни Леонардо стал тяготиться пребыванием в Риме.

Неизвестность, ожидание, вынужденное бездействие утомили его. Обычные занятия – книги, машины, опыты, живопись – опротивели.

В долгие осенние вечера, когда в доме, теперь еще более мрачном, наедине с безумным Астро и тенью Джованни, становилось ему слишком жутко, уходил он в гости к мессеру Франческо Веттора, флорентийскому посланнику, который переписывался с Никколо Макиавелли, рассказывал о нем и давал читать его письма художнику.

Судьба по-прежнему преследовала Никколо. Мечта всей жизни его – созданное им народное ополчение, от которого ждал он спасения Италии, оказалось никуда не годным: при осаде Прато в 1512 году под первыми исланскими ядрами разбежалось оно на глазах его, как стадо баранов. Когда вернулись Медичи, Макиавелли отставили от должности, «низложили, удалили и лишили всего». Вскоре затем открыт был заговор для восстановления Республики и низвержения тиранов. Никколо в нем участвовал. Его схватили, судили, пытали четыре раза подымали на виску. Пытки вынес он с мужеством, которого, по собственному признанию, «не ожидал от себя». Отпустив на поруки, оставили под надзором и запретили в течение года переезжать границу Тосканы. Он впал в такую нищету, что должен был покинуть Флоренцию и поселиться на маленьком наследственном клочке земли в горном селении, близ Сан-Кашьяно, милях в десяти от города, по Римской дороге. Но и здесь, после всех испытанных бедствий, не угомонился: из пламенного республиканца обернулся вдруг столь же пламенным другом тиранов, с искренностью, свойственной ему в этих внезапных превращениях, переходах от одной крайности к другой. Еще сидя в тюрьме, обращался к Медичи с покаянными и хвалебными посланиями в стихах. В книге «О Государе», посвященной Лоренцо Великолепному, племяннику Джулиано, предлагал, как высший образец государственной мудрости, Чезаре Борджа, тогда уже умершего в изгнании, некогда им же самим столь жестоко развенчанного и теперь снова окруженного ореолом почти сверхчеловеческого величия, сопричисленного к лику бессмертных героев. Втайне чувствовал Макиавелли, что сам себя обманывает: мещанское самодержавие Медичи столь же противно ему, как мещанская республика Содерини; но, уже не в силах будучи отказаться от этой последней мечты, он хватался за нее, как утопающий за соломинку. Больной, одинокий, с незажившими на руках и ногах рубцами от веревок, которыми вздергивали его на дыбу, молил Веттори похлопотать за него у папы. у Джулиано, достать ему «хоть какое-нибудь местечко, потому что бездействие для него страшнее смерти: только бы приняли его опять на службу – он готов на всякую работу, хоть камни ворочать».