Глубокие внутренние преобразования Алексей Комнин начал сразу после прихода к власти, и быстрыми успехами конца XI — начала XII в. государство обязано только ему. При этом император опирался почти исключительно на своих родственников и людей низкого звания, облагодетельствованных им — клиентов. По выражению его секретаря, хрониста Иоанна Зонары, василевс правил страной, как своим домом.
Именно с того времени Византия приобретает явные черты феодальной монархии и отбрасывает многое (хотя и не все) из наследия Римской империи и института фем. Старые титулы — новелисим, куропалат, патрикий, анфипат и т. д. или исчезают совсем, или теряют былую значимость, а новые — севаст, протосеваст — становятся прерогативой исключительно Комнинов или связанных с ними родственными узами семейств — Мелиссинов, Ангелов, Дук, Палеологов. В руках этого «клана Комнинов» постепенно (до конца XII в.) оказывается армейское командование. Древние аристократические роды — Аргиры, Фоки — постепенно сходят со сцены, остальная знать могла рассчитывать лишь на второстепенные должности в армии или гражданскую карьеру. Вертикальная подвижность, отличавшая Империю ромеев от стран Запада, резко уменьшилась[102].
Сложная бюрократическая система управления была упрощена. Число ведомств государственного аппарата («секретов») сократилось, огромное количество чиновников вынуждено было найти себе другое занятие. Для общего руководства оставшимися секретами Комнин учредил должность великого логофета.
Алексей положил начало активному привлечению иноземцев на службу ромейской державе.
Алексей широко пользовался пронией — пожалованием на определенный срок какой-либо области своего домена в управление (с правом получения доходов с этой области) при условии непременной службы прониара императору. За счет прониаров, таким образом, усиливалась прежде всего армия, ставшая подобной рыцарскому ополчению Западной Европы.
С конца XI в. Византия начинает переживать подъем. Отстроены были города, захиревшие во времена смут, возродились торговля и ремесла. Изменения затронули и социальный состав населения страны: со времени Алексея и его сына Иоанна II навсегда ушел в прошлое такой анахронизм, как рабы.
Церковная политика Алексея отличалась предельной жесткостью. Патриархов и епископов, противившихся указаниям василевса, он смещал безжалостно. При этом сам император отличался искренним благочестием, проявлял интерес к богословию и часто вмешивался в религиозно-философские споры. По его инициативе церковный собор осудил как еретика философа Иоанна Итала (1082). Немало сделал Комнин и для разгрома влиятельного течения богомилов, не столько, впрочем, религиозного, сколько политического. Богомильство распространялось в Болгарии, много взяв от учения павликиан, так что даже византийские хронисты нередко их отождествляли. В 1082 г. отряды богомилов отказались сражаться за империю против норманнов. Алексей хитростью заманил вождей богомилов во фракийскую крепость Мосинополь, где приказал их разоружить, а затем бросить в тюрьму и конфисковать имущество их семей. В ответ вспыхнул мятеж, богомилы в союзе с печенегами громили фракийские города, и автократору стоило большого труда навести там порядок. Не полагаясь только на силу меча, Алексей принялся за оппозиционеров иным способом. Монах Евфимий Зиговин написал против богомилов трактат, а сам Комнин путем ловкой интриги сумел уличить в еретических высказываниях их «патриарха», некоего старца Василия, который по постановлению суда был сожжен.