Теперь было организовано два отдельных флота. 37 судов под командованием Томбазеса направились в Архипелаг, а 12 – под командованием Андреаса Миаулиса, тоже с Гидры – в Патрасский залив. Первый флот отошел от Гидры 30 мая в направлении Дарданелл и почти сразу встретил группу турецких кораблей из двух линкоров, трех фрегатов, корвета и двух бригов, которые вышли в море 3 июня. Флот Томбазеса был недостаточно силен, чтобы вступить в генеральное сражение, но сумел утром 5-го отрезать от общей группы один из линкоров, который сразу направился к западной части Митилены и бросил якорь вблизи берега. Греческие суда открыли огонь, но вскоре было решено, что ввиду слабости вооружения более эффективной станет атака брандером. Соответствующий корабль поспешно снарядили и отправили той же ночью, но безуспешно. 6-го атака всеми силами греческого флота не оказала эффекта, хотя, действуя за кормой турецкого линкора, греческие суда сами избежали повреждений. С Псары направили другие брандеры, и, наконец, в полдень 8 июня атака двух брандеров под прикрытием всего греческого флота оказалась успешной. Турецкий корабль загорелся и взорвался³.

После этой катастрофы реала-бей, или контр-адмирал⁴, командовавший турецкой эскадрой, отказался от намеченной атаки на Самос и вернулся в Дарданеллы. Томбазес 13 июня повел свой флот к Айвалыку, что на материке, напротив Митилены. Это принесло несчастье городу, поскольку дало повод для атаки находившихся неподалеку турецких войск. 15-го на берег высадился греческий десант, но его вмешательство лишь довершило разрушение города. Томбазесу оставалось только на следующий день принять на борт тех греков из города, которые сумели спастись. 18 июня флот подошел к Гидре, а 22-го вернулся на Псару.

Довольно скоро турецкий флот снова появился, на этот раз под командованием Кара Али – капудан-бея, или адмирала. Флот прошел Дарданеллы 14 июля. В его составе было четыре линкора и пять или шесть фрегатов, а также больше двух десятков небольших судов. 16-го турки бросили якорь у южной стороны Самоса. Первая попытка высадки 18-го была отбита, а транспорты, отправленные в Скаланову – прибрежный город в Анатолии, – перехвачены и уничтожены 20-го греческим флотом. Греческие корабли отошли от Гидры и Специи 16-го, забрали часть контингента у Псары и 19-го подошли к Самосу. Согласно одним источникам, в нем было 65 судов, другим – 90.

И снова турки отказались от намерения захватить Самос и ушли, на этот раз в южном направлении. Греки организовали преследование. Атака брандерами 24-го у острова Кос успеха не имела. Три брандера сгорели без всякой пользы, а четвертый был захвачен. Кара Али повел свой флот к Родосу, где к нему присоединились египетские суда – один фрегат и 13 небольших судов под командованием Исмаила Гибралтара. Греки дошли до Нисироса, что в 30 милях к северо-западу, и там бросили якорь 3 августа. Флот Томбазеса к этому времени был изрядно ослаблен дезертирством. Когда турки снова вышли в море, ряд стычек у Патмоса 10-го и в следующие дни привели только к безрезультатному уничтожению еще одного брандера. 21-го греческий флот лег на обратный курс и 24-го вернулся к Гидре.