Тем временем транспорты и небольшие военные корабли рассеялись во всех направлениях. Одни вошли в критские порты, другие вернулись в Александрию, но большинство пошли с попутным ветром к Родосу, Ибрагим с ними. С Родоса он направился к Мармарису, что на материке, поскольку там была лучшая гавань для столь крупного флота. Сколько транспортов было потеряно, точно неизвестно. В разных источниках говорится о 5—13 захваченных транспортах и 9 потерпевших крушение у Скарпанто (Карпанто). Ибрагим был очень близок к успеху, но не сумел его добиться, так же как Хюсрев и многие турецкие командиры до него.
К несчастью для греков, он был намного более упорным человеком, чем его предшественники. Греки, которые все так же продолжали ссориться между собой и им всегда не хватало денег, считали, что теперь опасность позади, и еще до конца ноября позволили судам вернуться в свои порты. Это дало Ибрагиму еще один шанс, и он не преминул им воспользоваться. Он разгрузил транспорты, поместив половину армии на борт военных кораблей, оставшихся людей высадил на берег, 5 декабря вышел в море с 14 фрегатами, 13 корветами, 58 бригами и 12 шхунами, и на этот раз подошел к бухте Суда, не встретив сопротивления. Он даже сделал еще один рейс, доставив солдат, которых до этого оставил на берегу, – из него он вернулся в феврале 1825 года. 24-го он высадился в Модоне с первой частью своей немало претерпевшей армии.
В течение следующих двух лет греки лишились почти всех своих приобретений на суше, да и их положение на море существенно ухудшилось. Правда, было бы все же преувеличением утверждать, как сказано в одном источнике, что после действий в районе Будруна в 1824 году «господство на море перешло к оттоманам». Ведь в 1826 году греки были достаточно сильны, чтобы отразить еще одну атаку на Самос, а в 1827 году, когда турецко-египетские силы были на пике своей мощи, весьма значительная греческая эскадра продолжала действовать вблизи Александрии.
Высадив первую часть армии в Модоне, Ибрагим отправил флот обратно на Крит за второй частью, которая благополучно прибыла 17 марта. Через четыре дня египетская армия закрепилась у Наварина. Часть флота – три фрегата, два корвета и шесть бригов – была послана на помощь гарнизону Патр и в конце марта сопроводила туда какое-то количество торговых судов с Занте. После этого корабли вернулись на Крит к главным силам флота.
Миаулис вышел в море с небольшими силами в апреле и направился на Крит, но был застигнут непогодой – во время нее затонул брандер, которым командовал Канарис. Захватив два австрийских транспорта по пути к Превезе, он 14 апреля подошел к Наварину. Оставив пять бригов под командованием Анастасиса Цамадоса для поддержки обороны, он 17-го повел флот в Ватика-Бей, что рядом с мысом Малея, где 19-го суда бросили якорь. Двумя днями позже он отправился на Крит и 23-го подошел к бухте Суда, где располагался весь египетский флот. Противник вышел навстречу, но сразу вернулся обратно из-за непогоды, а греки 26-го вернулись в Ватика-Бей, по пути захватив два транспорта.