7 июня были сформированы комиссариаты (министерства) ФКНО, а его состав расширен. По предложению де Голля в него вошли Рене Плевен, Анри Бонне, Андре Дьетельм и Адриен Тиксье, а по предложению Жиро — Морис Кув де Мюрвиль и Жюль Абади. Теперь членов комитета стало 14, причем 9 из них принадлежали к «Сражающейся Франции». О своей поддержке де Голля заявили также Монне и Кув де Мюрвиль. Таким образом, расстановка сил сложилась в его пользу. В течение 1943 г. де Голль поэтапно отстранил Жиро от дел и стал единоличным председателем ФКНО. Под руководством де Голля ФКНО принял целый ряд мер по ликвидации вишистских порядков во французской Северной Африке. Это повысило престиж ФКНО в глазах участников Сопротивления. Все его организации, в том числе ФКП, выступили за признание ФКНО. Такое обстоятельство предрешило вопрос о дипломатическом признании комитета. В конце августа 1943 г. заявления о признании ФКНО опубликовали одновременно СССР, Англия и США, а в течение последующих недель — еще 19 государств.
По инициативе де Голля в сентябре 1943 г. ФКНО принял ордонанс об учреждении в алжирской столице представительного органа наподобие парламента — Временной консультативной ассамблеи. Она была сформирована из 94 человек — представителей организаций Сопротивления, бывших парламентариев и делегатов от населения освобожденных территорий. В начале ноября ФКНО принял решение о введении в свой состав представителей основных политических течений и организаций Сопротивления. Ими стали Эммануэль д’Астье, Франсуа де Мантон, Анри Френе, Рене Капитан, Андре Филип, Андре Лё Трокёр, Пьер Мендес-Франс, Анри Кей и др. Обсуждался вопрос о вхождении в состав ФКНО коммунистов. Но он был решен лишь через некоторое время: представители ФКП Франсуа Бийу и Фернан Гренье стали членами комитета только в середине 1944 г.
На первом заседании ассамблеи в начале ноября 1943 г. де Голль выступил с речью перед собравшимися депутатами. В ней он заявил о программе реформ, которую собирался осуществить после освобождения Франции.
В январе 1944 г. де Голль подписал ордонанс о создании института региональных комиссаров республики, который санкционировал деление всей территории Франции на региональные комиссариаты во главе с комиссарами, соответствовавшие существовавшим ранее региональным префектурам. «На региональных комиссаров, — указывалось в ордонансе, — возлагается принятие всех необходимых мер, за исключением функций, входящих в компетенцию военных властей, по обеспечению безопасности французских и союзных армий, по организации управления территорией, восстановлению республиканской законности, а также забота об удовлетворении нужд населения». Комиссары должны были заменить по всей стране вишистских префектов. Именно на них де Голль рассчитывал опереться в провинции.