Железнодорожной эвакуацией ведали впервые созданные эвакуационные комиссии, сортировавшие раненых и больных для размещения по врачебным учреждениям глубокого тыла. В Дунайской армии первая эвакуационная комиссия была создана во Фратешти, вторая в Яссах; при них имелось по нескольку военно-временных госпиталей для приема больных и раненых (их было недостаточно), так что возникал уже прирельсовый приемник в современном понимании этого слова. Сама эвакуация по железным дорогам производилась, как и на первом этапе, в специальных военно-санитарных поездах и приспособленных товаро-пассажирских. Первых, наиболее отвечавших своему назначению, явно не хватало, и емкость их была весьма мала. Достаточно упомянуть, что из Дунайской армии, например, за период с половины сентября до половины декабря из числа эвакуированных 937 больных и раненых офицеров и 46 681 солдата в военно-санитарных поездах было эвакуировано только 160 офицеров и 140 солдат, остальные же - в обычных воинских поездах(9); таким образом, военно-санитарными поездами эвакуировались только особо тяжело больные или тяжело раненные, да и то по преимуществу офицеры.

На втором этапе войны значительно шире, чем на первом, развило свою деятельность Общество Красного Креста. Являясь одним из видов частной благотворительности и филантропии имущих классов России, Общество располагало большими средствами и во многом могло бы исправить недочеты военно-медицинского обеспечения войск. Однако уполномоченные Общества, стремясь к независимости от военно-медицинских органов, строили себе карьеру на роскошном содержании больных и раненых в своих лечебных учреждениях и гораздо меньше помогали военно-медицинским учреждениям, как бы даже конкурируя с ними.

В целом военно-медицинское обеспечение войск на втором этапе войны в значительной мере страдало еще теми же недостатками, что и на нервом. Но, несмотря на это, общее его состояние было много лучше, чем во время Крымской войны, а в ряде положений военно-медицинское обеспечение русской армии стояло много выше, чем в иностранных. Нельзя забывать, что введение ротных и дивизионных команд носильщиков, увеличение количества военно-лечебных заведений в войсках, лечебная работа передовых русских врачей, постепенное осуществление основных пироговских положений организации военно-медицинского обеспечения и т.п. вели к резкому снижению смертности и инвалидности среди больных и раненых. А это высший критерий для оценки всего военно-медицинского обеспечения.

На втором этапе войны в Дунайской армии было проведено переустройство тыла армии. Как и на первом этапе, работу тыла в основном лимитировали румынские железные дороги. На втором этапе положение с ними было еще хуже. Увеличение численности армии создало для железных дорог дополнительную нагрузку, вся же материальная часть железнодорожного хозяйства изнашивалась и приходила во все большее расстройство. Угроза полной приостановки работы железных дорог волей-неволей заставила командование армии пересмотреть порядок устройства тыла.