Преступные эксперименты производились и над целыми группами заключенных. На полигоне в районе ст. Аньда людей привязывали к железным столбам, а затем в целях заражения в непосредственной близости от них взрывали бактериологические снаряды, наполненные бактериями чумы, газовой гангрены и других тяжелых болезней. Так, в конце 1943 года при участии подсудимого Карасавы на полигоне был произведен опыт по заражению сибирской язвой десяти китайских граждан. Весной 1944 года при его же участии группа людей на полигоне была заражена чумными бактериями. В январе 1945 года на том же полигоне подсудимый Ниси участвовал в заражении десяти человек газовой гангреной. Аналогичные бесчеловечные опыты над живыми людьми производились и в отряде № 100, находившемся под общим руководством подсудимого Такахаси. Так, в августе — сентябре 1944 года в отряде № 100 было произведено заражение через пищу восьми китайских и советских граждан, которые вскоре после этого умерли. Помимо преступных экспериментов по заражению людей бактериями острых инфекционных заболеваний, отряд № 731 производил опыты по обмораживанию конечностей заключенных. Большинство несчастных жертв зверских опытов после заболевания гангреной и ампутации конечностей умирало.

Испытания бактериологического оружия не ограничивались только опытами, проводимыми внутри отрядов №№ 731 и 100. Японские империалисты применяли бактериологическое оружие в войне против Китая и диверсионных вылазках против СССР. В 1940 году специальная экспедиция отряда № 731 под руководством генерала Исии была командирована на место боевых действий в Центральный Китай, где через блох, зараженных чумой, сброшенных при помощи специальных приборов с самолета, возбудила эпидемию чумы в районе Нимбо. Эта преступная операция, повлекшая за собой тысячи жертв среди мирного китайского населения, была заснята на кинопленку, и этот фильм впоследствии был показан в отряде № 731 представителям высшего командования японской армии, в том числе и подсудимому Ямаде. Аналогичная экспедиция была направлена отрядом № 731 в 1941 году в район гор. Чандэ, который также был заражен бактериями чумы. В 1942 году бактериологическое оружие было вновь применено на территории Китая. В этом случае экспедиция отряда № 731, в подготовке которой принимали участие подсудимые Карасава и Кавасима, действовала совместно с отрядом «Эй», находившимся одно время под командованием подсудимого Сато, и заразила бактериями острых инфекционных заболеваний территорию, которую японские войска были вынуждены оставить под натиском китайской армии. Отрядом № 100 на протяжении ряда лет на границу СССР направлялись бактериологические группы, в состав которых входили подсудимые Хиразакура и Митомо. Эти группы проводили бактериологические диверсии против Советского Союза путем заражения пограничных водоемов, в частности в районе Трехречья.