1955, начало года — отозван из Чехословакии в Москву и уволен из органов безопасности.

Апрель — принят на работу метрдотелем в ресторан «Прага».

1957 — принят на службу в Первое главное управление КГБ при СМ СССР.

1965–1972 — работал в Представительстве КГБ СССР при МГБ ГДР, затем в Центральном аппарате внешней разведки.

1984 — в звании полковника вышел в отставку, однако продолжал работу в Службе в качестве консультанта.

1986 (по другой версии — в 1989) — ушёл на пенсию.

2007, 9 мая — Указом Президента РФ № 614 присвоено звание Героя Российской Федерации.

2012, 8 февраля — в Московской Государственной картинной галерее народного художника СССР Александра Шилова представлен портрет А. Н. Ботяна.

2020, 13 февраля — Алексей Николаевич скончался.

Полковник Алексей Николаевич Ботян был удостоен звания Героя Российской Федерации, награждён орденом «За заслуги перед Отечеством» 4-й степени и орденом Мужества, двумя орденами Красного Знамени, орденами Трудового Красного Знамени и Отечественной войны I степени, многими медалями, а также нагрудным знаком «Почётный сотрудник госбезопасности».