1943 г., 14 апреля — решением Политбюро ЦК ВКП(б) НКГБ СССР вновь выделено из НКВД в качестве самостоятельного ведомства.

19 апреля — образование Главного управления контрразведки «Смерш» Народного комиссариата обороны СССР (ГУКР «Смерш» НКО СССР).

27 апреля — утверждён штат Главного управления контрразведки «Смерш» НКО СССР в количестве 646 человек.

31 мая — Государственный Комитет Обороны СССР утвердил Положение об Управлении контрразведки (УКР) «Смерш» Народного комиссариата Военно-Морского Флота СССР и его органах на местах.

6 ноября — в одном из боёв во время битвы за Днепр (Киевская область), геройски погиб оперработник Смерша старший лейтенант П. А. Жидков, посмертно удостоенный звания Героя Советского Союза.

28 ноября — 1 декабря — в Тегеране проходила конференция руководителей держав антигитлеровской коалиции — И. В. Сталина, У. Черчилля и Ф. Д. Рузвельта. В обеспечении безопасности конференции принимали участие сотрудники Смерша: за особое отличие подполковнику Н. Г. Кравченко было присвоено воинское звание «генерал-майор», минуя звание полковника.

1944 г., 27 июня — в бою за переправу через реку Бобр (Минская область) геройски погиб оперработник Смерша гвардии лейтенант В. М. Чеботарёв, посмертно удостоенный звания Героя Советского Союза.

1945 г. 14 января — в бою у населённого пункта Коханув (Польша) геройски погиб оперработник Смерша лейтенант Г. М. Кравцов, посмертно удостоенный звания Героя Советского Союза.

9 мая — День Победы советского народа в Великой Отечественной войне 1941–1945 годов.

9 августа — в соответствии с договорённостями, достигнутыми в ходе Тегеранской конференции 1943 года, Советский Союз вступил в войну против Японии на стороне союзников по антигитлеровской коалиции.