«В ходе реорганизации военной контрразведки в апреле 1943 г. 6-й отдел бывшего УОО НКВД СССР, оставаясь в системе наркомата, был преобразован в самостоятельный Отдел контрразведки (ОКР) „Смерш“ НКВД. Его главной задачей являлась борьба за чистоту рядов органов НКВД, пользовавшихся повышенным вниманием спецслужб противника».
«В начале 1945 г. в составе органов контрразведки „Смерш“ НКВД СССР было уже семь ОКР „Смерш“ округов внутренних войск и восемнадцать ОКР „Смерш“ НКВД пограничных округов… Отделы контрразведки „Смерш“ НКВД по охране тыла фронтов постоянно переформировывались в соответствии с упразднением одних или переименованием других фронтов».
К августу 1943 года в структуру органов контрразведки наркомата входили ОКР «Смерш» НКВД СССР, 12 отделов контрразведки «Смерш» охраны тыла фронтов, отделы «Смерш» Украинского и Северо-Кавказского округов внутренних войск, десять отделов «Смерш» погранокругов, самостоятельные отделы «Смерш» в 1-й мотострелковой дивизии и Отдельной мотострелковой бригаде особого назначения войск НКВД. Кроме того, было создано ОКР «Смерш» НКВД в Москве, Куйбышеве (Самаре), Новосибирске и Свердловске (Екатеринбурге), где находились большое количество особо важных предприятий промышленности и крупные железнодорожные узлы.
В начале 1945 года было уже семь ОКР «Смерш» округов внутренних войск и 18 — пограничных округов. Отделы контрразведки «Смерш» НКВД по охране тыла фронтов постоянно переформировывались в соответствии с упразднением, образованием или переименованием фронтов. Весной 1945-го они были реорганизованы в ОКР «Смерш» НКВД по охране тыла Группы советских оккупационных войск в Германии, Северной, Центральной и Южной групп войск.