В ряде стран Западной Европы наукология создала внешне независимые общества с целью заполучить правительственные субсидии, ассигнуемые на развитие психотерапии и образования.

В США в течение длительного времени деятельность наукологии протекала при молчаливом нейтралитете, если не поощрении, со стороны властей, хотя, как уже сказано, дело не обходилось и без отдельных стычек. Однако в середине 70-х годов в Вашингтоне стало складываться мнение, что Хуббард зарвался и его нужно поставить на место. В 1976 г. ФБР раскрыла то, что потом было названо «заговором» наукологии против США На основании показаний бывшего ее доверенного лица, некоего Майкла Мейснера, выяснилось, что в 1974 г. наукологисты подделывали пропуска в правительственные здания, воровали ключи к служебным кабинетам, документы (и это вскоре после уотергейтского скандала!). 8 июля 1977 г. агенты ФБР совершили налет на штаб-квартиры наукологистов в Вашингтоне и Лос-Анджелесе и конфисковали 23 тыс. документов, в том числе украденных у федеральных и местных властей (наворованы были документы министерства юстиции, министерства обороны и даже ЦРУ). Вразумительного ответа на вопрос, зачем они были нужны наукологистам, так и не последовало.

Главарей наукологии обвиняли в кражах со взломом, шпионаже, похищении детей, организации клеветнических компаний. 26 октября 1979 г. девять видных наукологистов, включая Мэри Сю Хуббард, были признаны федеральным судом виновными в воровстве, заговоре и многих других преступлениях и приговорены к различным срокам наказания. Сам Хуббард и еще 24 сановника его «Церкви» были названы ненаказанными заговорщиками. Наукология наняла целую армию адвокатов, чтобы вызволить осужденных. После этого обвинительного приговора нашлось немало лиц, объявивших, что они выходят из наукологии и не сделали этого раньше только потому, что опасались мести со стороны «Сторожевого управления». Хуббард, напротив, нисколько не был обескуражен процессом. Он опубликовал «манифест», в котором объявил, что переходит в контратаку против «тех, кто пытается остановить наукологию». Все же, маневрируя, штаб-квартира наукологии в Калифорнии известила о смещении с должностей наиболее скомпрометированных лиц, включая Мэри Сю Хуббард. Ее преемником стал некий Гордон Кук⁷⁹.

Федеральный апелляционный суд в марте 1981 г. отклонил иск «Церкви наукологии» Калифорнии против мэра Клеруотера Габриэля Кэзериса, как якобы возбуждавшего с 1975 г. враждебность по отношению к этой организации. Иск был признан «необоснованным и пустячным»⁸⁰. В 1981 г. судебные дела против наукологии были заведены в 12 странах. Сам Хуббард неоднократно подвергался заочному осуждению. Так, при появлении на территории Франции ему угрожают четыре года тюрьмы и штраф в 35 тыс. франков, к которым он был заочно приговорен в феврале 1978 г.