Преподавательская деятельность Пиренна не ограничивалась Гентом. Он преподавал в Париже, в Дижоне, где имел возможность наблюдать много следов бургундской культуры, в Монпелье, в Алжире. В Бельгии Пиренн был признанным главой исторической науки. Он стоял во главе ряда научных учреждений Бельгии. Он был председателем комиссии по изданию Национального биографического словаря, председателем комитета Бельгийского исторического института в Риме, секретарем королевской исторической комиссии. Под его редакцией проходило печатание текстов и монографий по истории Бельгии. Он был одним из главных инициаторов и организаторов международных начинаний в области изучения истории. Под его председательством прошел в Брюсселе в 1923 г. V международный конгресс историков, первый после войны.

Научные работы Пиренна создали ему широкую известность. Он был членом французского института, членом 13 академий, имел 16 почетных ученых степеней. Не только достоинства его научных исследований создали ему мировое имя. Он был блестящим популяризатором, умевшим каждую свою работу облечь в живую и интересную форму. Ему в высокой степени присуща та яркость, ясность и прозрачность стиля, которая отличает истинных мастеров. Пиренн принадлежит к числу тех немногих мастеров, которые всегда увлекательны и интересны, о чем бы они ни писали. Как несравненный лектор и оратор он увлекал своих учеников, зажигал в них энтузиазм, пробуждал в них призвание. Он создал в Бельгии школу историков социальных отношений. Можно сказать, что почти все историки современной Бельгии — ученики Пиренна.

Поражает исключительно широкий размах исторической работы Пиренна. Описок его трудов, составленный в Льеже в 1926 г. по случаю сорокалетия его профессорской деятельности, заключает свыше 300 больших и мелких работ. О тех пор прошло еще 9 лет творческой работы. Но Пиренн не может быть причислен к довольно распространенному и среди историков тину ученого графомана, одержимого страстью к писанию, непрерывно разводящего водой небольшой запас идей и знаний. Все, что он пишет, ново, веско, содержательно, основано на зрелом исследовании и размышлении. Пиренн прежде всего медиевист. Но у него есть работы, посвященные и современной истории. Среди тем его ранних работ мы находим и архивоведение, и палеографию, и дипломатику, и латинскую филологию средневековья, и историческую географию. Его привлекает критическое издание текстов. Но уже рано сказывается интерес к истории средневековых городов. В 1889 г. вышла его работа «Histoire de la constitution de la ville de Dinant au moyen âge», положившая начало ряду ценнейших исследований по городской истории, — составляющих его главный вклад в науку. Мировой известностью пользуются такие его книги, как «Les anciennes démocraties des Pays-Bas» (Старинные демократии Нидерландов), 1910, и «Les villes au moyen âge» (Средневековые города), 1927. Но главным своим трудом, делом своей жизни Пиренн считал свою «Историю Бельгии», первый том которой появился в 1900 г., а последний, седьмой, в 1932 г. Этот труд был подготовлен множеством этюдов и специальных исследований по истории Фландрии, Генегау, Льежа, Гента, по истории отдельных эпох, особенно Бургундской, по истории революции XVI в., по истории Бельгии в эпоху Великой буржуазной революции во Франции, по истории революции 1830 г. Можно сказать, что вместе с подготовительными работами «История Бельгии» заполнила большую часть ученой жизни Пиренна.