С другой стороны, создание в самом Брюсселе секретариата по управлению делами страны и по военным делам (Secretarias de Estado у guerra del gobierno de Flandes), возникновение которого восходило к временам герцога Альбы, но который оформился окончательно лишь при эрцгерцоге Эрнсте, изъяло из-под всякого контроля страны организацию военного дела, а также сношения с Мадридом и иностранными державами. Статс-секретарь, он же секретарь по военным делам, который всегда был испанцем и назначался королем, являлся фактическим представителем монарха в католических Нидерландах. Он не только обязан был помогать генеральному наместнику, но должен был также следить за его поведением. Он был доверенным лицом мадридского кабинета, обсуждал с ним от имени наместника все важнейшие дела. Его переписка на испанском, а не на «бургундском» языке не подлежала контролю со стороны бельгийских министров или правительственных советов, Хотя статс-секретарь и был иностранцем в бельгийских провинциях, где его почти не знали, так как он официально не играл никакой роли, тем не менее он был самым главным лицом в государственном аппарате. Никакие архивные данные не представляют такой ценности для знакомства с бельгийской политикой Испании XVII в., как совокупность оставленных им бумаг[1000].

Благодаря своей военной власти Испания окончательно обеспечила себе господство над Бельгией. От национальных войск, которым на основании Аррасского договора должна была быть полностью передана оборона страны, во время правления Альберта и Изабеллы осталось лишь несколько отрядов милиции под командованием некоторых представителей высшей знати[1001], общая численность которых сводилась к 1 800 чел. Что касается армии, то она во времена эрцгерцогской четы так же полностью находилась в руках короля, как это было и при герцоге Альбе. Она повиновалась только его приказам, и хотя ее основная роль состояла в том, чтобы сражаться против внешнего врага, но не подлежало сомнению, что при малейшей попытке восстания она снова обратится против провинций. Вся ее внутренняя организация, за которой следил секретарь по государственным и военным делам, была сверху донизу чисто испанской. Ее офицеры не только получали содержание от короля, но армия имела кроме того еще особое избиравшееся из ее среды управление по распределению денежных средств, получавшихся ею из Испании: («junta de hazienda», «veedor», «contador», «pagader»). Впрочем, эти суммы покрывали лишь часть ее расходов. Остальную часть их должна была покрывать Бельгия, и эта часть, по мере истощения королевской казны, становилась все более значительной. На содержание войск и крепостей расходовались не только «регулярные субсидии», но страна должна была постоянно давать авансы кассе «exercito» (войска), причем она лишена была всякой возможности контролировать их назначение, так как эта касса подлежала компетенции лишь военных властей[1002].