В настоящее время на территории Вахшской, Кафирниганской и Пенджской долин открыто и исследовано около 20 памятников эпохи мезолита. На пяти из них велись систематические раскопки (Туткаул, Сай-Сайед, Ак-Танга, Шугноу, Даран Шур), на одном — разведочные шурфы и траншеи (Оби-Киик). Бо́льшая часть памятников представляет собой местонахождения с разрушенным культурным слоем. Среди них по насыщенности подъемного материала выделяется Чиль-Чор-Чашма, стоянки Бешкентская (Амосова, Соловьев, 1976) и Макони-Мор (Ранов, Юркевич, 1973).

Анализ мезолитических комплексов, проведенный еще А.П. Окладниковым и позднее В.А. Рановым, позволил высказать гипотезу об отсутствии культурного единства между сравниваемыми памятниками и существовании двух путей развития мезолита в горных и равнинных районах (Окладников, 1966а, с. 73, 74; Ранов, 1968, с. 27). Как показывает характер исследуемого материала, здесь действительно прослеживается большое разнообразие индустрий, свидетельствующее о культурно-хронологической неоднородности рассматриваемых памятников (Коробкова, 1975, с. 24). В настоящее время после открытия и раскопок новых стоянок эпохи мезолита на территории Южного Таджикистана выделяется по крайней мере четыре разнокультурных и разновременных комплекса (Коробкова, 1982, с. 14–16). Первый комплекс представлен материалами третьего горизонта Туткаула (табл. 99), шестого слоя Ак-Танги и Чиль-Чор-Чашмы (табл. 99), второй — индустрией слоя 2а Туткаула, Даран Шура и др. (табл. 97). Третий характеризуют материалы стоянок Оби-Киик (табл. 99), Куй-Бульон и др. Четвертый комплекс отражает инвентарь горизонта 0 Шугноу. Относительный и абсолютный возраст рассматриваемых комплексов определяется в основном по данным стратиграфии мезолитических слоев Туткаула, Сай-Сайеда, Ак-Танги, Шугноу, радиоуглеродных датировок (Марков, Образцов, 1981, с. 75, 76), полученных для основания горизонта 2 Туткаула, с учетом калибровочных поправок (6070–6310), слоя 6 Ак-Танги (6830–7100), нижних горизонтов Сай-Сайеда (6350–6600, 6250–6500, 5090–5280, 8900–9170) и археологических аналогий с синхронными памятниками Ближнего Востока. В целом весь мезолит Вахшской, Кафирниганской и Пенджской долин можно заключить в рамки XI–VII тысячелетий до н. э. Для того чтобы понять его археолого-культурный аспект, необходимо охарактеризовать каждый из четырех имеющихся комплексов.