Комиссии получили, однако, приказание выдавать суммы, требуемые генералами, причем последние не были обязаны сообщать назначения этих сумм: они отдавали отчет в расходах лишь правительству. Четыре директора одобрили это приказание и предписали Шереру немедленно озаботиться приведением его в исполнение. И поскольку тот демонстрировал некоторую снисходительность в отношении своих товарищей, ему сообщили, что он сам будет отвечать за все беспорядки, которых не остановит.
Как ни была эта мера справедлива сама по себе, но она должна была сильно оскорбить главные штабы. Особенно же возмущались в Италии; говорили, что подобные предосторожности бесчестят военных, связывают руки генералам и лишают их всякого авторитета. Шампионне в Неаполе уже показал себя как законодатель и назначил комиссию для администрирования завоеванной страны. Фепу был послан в Неаполь принять в свое управление финансовую часть. Он сделал необходимые распоряжения, чтобы взять администрацию в свои руки, и отменил некоторые дурно истолкованные меры, принятые Шампионне. Последний, с обычной спесью людей его сословия, посчитал себя оскорбленным; он имел смелость издать постановление, которым приглашал Фепу и других комиссаров покинуть Неаполь в двадцать четыре часа. Подобное поведение было нестерпимо; не признавать приказаний Директории и выгнать из Неаполя облеченных ее полномочиями комиссаров – такой поступок следовало наказать самым строгим образом. Директория не выказала слабости и благодаря энергии честных директоров, желавших положить конец грабительству, проявила всю свою власть. Она сменила Шампионне, несмотря на блеск его последних успехов, и предала его военному суду.
К несчастью, разрушение порядка на этом не остановилось. Храбрый Жубер дал себя убедить, что постановлениями Директории оскорблена честь военных; он не желал сохранять командования на новых условиях и подал в отставку. Директория ее приняла. Бернадотт отказался быть преемником Жубера по тем же причинам. Директория, однако, не уступила и настояла на своих постановлениях.
Затем директора занялись набором конскриптов, производившимся весьма медленно. Так как первые два класса не смогли доставить двухсот тысяч человек, разрешили брать из всех классов, пока не дойдут до требуемой цифры. Для того чтобы выиграть время, заботы об обмундировании новых рекрутов возложили на общины, а издержки вычитали из поземельного налога. Новые конскрипты должны были немедленно отправиться на границы и образовать там гарнизонные батальоны взамен старых войск, расположенных в крепостях и резервных лагерях; по окончании обучения они должны были присоединиться к действующим армиям.