Однако для российской провинции свержение Петра было полнейшей неожиданностью. Даже в Москве, когда был получен манифест о восшествии на трон Екатерины, и губернатор, огласив его перед жителями города, выкликнул здравицу в честь новой самодержицы… она повисла в тишине! Народ молчал. Пошли слухи о Екатерине как о ложной царице, самозванке. Будучи от природы женщиной одаренной, обладавшей упорной волей и редким умением понимать людей и влиять на них, Екатерина сравнительно скоро овладела положением. В царском манифесте она объясняла устранение Петра прежде всего тем, что в его правление нависла угроза над Православной Церковью: «Закон наш православный греческий первый почувствовал потрясение и истребление преданий церковных… Церковь наша увидела опасность перемены древнего Православия на иноверный закон». Сама же Екатерина любила выставлять себя верной дочерью Православной Церкви, ее защитницей. Она ходила из Москвы пешком на богомолье в Троице-Сергиеву Лавру, целовала руки духовенству, ездила на поклонение к Киево-Печерским угодникам. И все же современник Екатерины историк князь Михаил Щербатов позволил себе усомниться в вере императрицы, он писал про нее: «Закон христианский, хотя довольно набожной быть притворяется, ни за что почитает». И действительно, на деле императрица была человеком нерелигиозным. Внешне проявляемое уважение к Церкви легко уживалось в ней с религиозным равнодушием. Она была убеждена, что религия и Церковь являются лишь одним из устоев государственности, который необходим для укрепления народной нравственности и дисциплины. В основе ее понимания отношений Церкви и государства лежала острая неприязнь к теории разделения власти на духовную и светскую. Екатерина придерживалась принципов широкой веротерпимости, доходившей до полного безразличия. Как государственного деятеля ее хорошо характеризует одно замечание, сделанное ей еще до восшествия на престол: «Уважать веру, но никак не давать ей влиять на государственные дела».

Неудивительно поэтому, что некоторые из обер-прокуроров, стоявших во главе Синода Русской Церкви при Екатерине, оказывались или неправославными, или неверующими. Таким был, например, совершенно равнодушный к Православию и не понимавший его Мелиссино, предлагавший Синоду отменить многие церковные праздники, укоротить церковные службы, разрешить поставление женатых епископов. Таким был и пришедший ему на смену Чебышев, бывший военный, не стеснявшийся при толпе народа заявлять, что «никакого Бога нет!», а на заседаниях Синода сопровождать свои выступления нецензурной бранью.