Из года в год росло число открытий, множились коллекции. Новые материалы не умещались в тесные рамки периодизации, предложенной Л. Козловским. Требовала пересмотра и типология керамики. К середине 30-х годов О. Кандыба создал новую периодизацию, основанную на сопоставлении различных орнаментальных стилей, профилировки и пропорций сосудов, степени сложности орнаментальных мотивов (Kandyba O., 1937). Первая, незвиская, фаза, выделенная еще Л. Козловским, соответствовала фазе Кукутени А. Введенная О. Кандыбой вторая фаза — залещицкая — была сопоставлена им с фазой Кукутени А-В. Третья, городницкая, фаза занимала, по его мнению, промежуточное положение между поселениями раннего и позднего периодов. Бильчанская (четвертая) и кошиловецкая (пятая) фазы синхронизировались с фазой Кукутени В. Периодизация, созданная О. Кандыбой, очень точно отражает линию эволюции трипольской культуры в Верхнем Приднестровье и на Верхнем Пруте. Периодизация трипольских памятников рассматриваемого района, предложенная К. Маевским (Majewski K., 1947), не внесла в схему О. Кандыбы значительных уточнений.

Третий период изучения трипольских памятников приходится на 40-е и 50-е годы. Он характеризуется дальнейшими исследованиями по уточнению периодизации, выявлением новых территориальных групп памятников со специфическими признаками, сплошными раскопками отдельных поселений, ставшими исходной источниковедческой базой для культурологических и социологических реконструкций. В книге Т.С. Пассек «Периодизация трипольских поселений», получившей высокую оценку, были подведены итоги довоенным изысканиям (Пассек Т.С., 1949а). В 50-е годы возглавляемая Т.С. Пассек экспедиция начала новый цикл исследований. Так, в Среднем Поднестровье был выявлен и раскопан ряд интереснейших памятников, в том числе многослойные поселения Флорешты, Солончены II, Поливанов Яр и позднетрипольский Выхватинский могильник. Была выявлена последовательность залегания слоев, относящихся к трем основным периодам созданной Т.С. Пассек периодизации, получены совершенно новые данные о некоторых этапах развития трипольской культуры (Пассек Т.С., 1955б; 1957; 1958; 1961а; 1961б; 1965а).

В более северных районах Поднестровья были осуществлены раскопки раннетрипольских поселений у с. Лука-Врублевецкая (Бибиков С.Н., 1953), Ленковцы (Черниш К.К., 1959б) и многослойного поселения Незвиско (Черныш Е.К., 1962). По ряду признаков были выявлены различия между раннетрипольскими памятниками трех больших регионов — Восточного Прикарпатья, Поднестровья и Среднего Побужья (Черныш Е.К., 1956), чему способствовало изучение группы раннетрипольских поселений в бассейне Южного Буга (Макаревич М.Л., 1952б; 1954). Исследования в Поднепровье позволили выделить весьма своеобразные памятники софиевского типа, относящиеся к позднему этапу трипольской культуры (Захарук Ю.Н., 1952). В 50-е годы были сделаны также первые попытки произвести хронологическое членение позднетрипольских памятников (Захарук Ю.М., 1953а; Кравец В.П., 1955; Лагодовская Е.Ф., 1953; 1956; Пассек Т.С., 1955а).