Агентство «Ассошиэйтед пресс» следующим образом резюмировало основные обвинения, выдвинутые против ученого:

«1. Доктор Оппенгеймер в начале войны поддерживал постоянные связи с коммунистами. Он… женился на бывшей коммунистке. Он щедро давал коммунистам деньги с 1940 и вплоть до 1942 г. 2. Он принимал на работу в Лос-Аламосе коммунистов или бывших коммунистов. 3. Он давал противоречивые показания Федеральному бюро расследований (ФБР) о своем участии в коммунистических митингах в первые дни войны. 4. Доктор Оппенгеймер отклонил предложение человека, назвавшего себя коммунистом, о передаче научной информации Советскому Союзу и заявил этому человеку, что подобный акт был бы изменой, но несколько месяцев не информировал об этом инциденте службу безопасности. 5. В 1949 г., будучи председателем Консультативного комитета Комиссии по атомной энергии, он решительно выступал против создания водородной бомбы. Он продолжал вести агитацию против этого проекта даже после того, как президент Трумэн дал комиссии приказ приступить к исследовательским работам, необходимым для создания водородной бомбы».

«1. Доктор Оппенгеймер в начале войны поддерживал постоянные связи с коммунистами. Он… женился на бывшей коммунистке. Он щедро давал коммунистам деньги с 1940 и вплоть до 1942 г.

2. Он принимал на работу в Лос-Аламосе коммунистов или бывших коммунистов.

3. Он давал противоречивые показания Федеральному бюро расследований (ФБР) о своем участии в коммунистических митингах в первые дни войны.

4. Доктор Оппенгеймер отклонил предложение человека, назвавшего себя коммунистом, о передаче научной информации Советскому Союзу и заявил этому человеку, что подобный акт был бы изменой, но несколько месяцев не информировал об этом инциденте службу безопасности.

5. В 1949 г., будучи председателем Консультативного комитета Комиссии по атомной энергии, он решительно выступал против создания водородной бомбы. Он продолжал вести агитацию против этого проекта даже после того, как президент Трумэн дал комиссии приказ приступить к исследовательским работам, необходимым для создания водородной бомбы».

Николе не сообщил Оппенгеймеру, что еще 3 декабря 1953 г. президент Эйзенхауэр отдал распоряжение «возвести глухую стену между Оппенгеймером и государственными секретными сведениями». Допуск Оппенгеймера к секретной работе был аннулирован в целях «защиты обороны и безопасности» США.

Оппенгеймер предстал перед специально созданным комитетом безопасности Комиссии по атомной энергии. Это была не дружеская беседа, не академический диспут — это было особое разбирательство. Расследование «дела Оппенгеймера» началось 12 апреля 1954 г. Целью процесса было доказать нелояльность и политическую неблагонадежность ученого. Оппенгеймера обвиняли не в том, что он сделал, а в том, что он думал, чувствовал, и, главное, в том, что он с недостаточным энтузиазмом отнесся к созданию водородной бомбы. Это был инквизиторский процесс.