Фамилия нередка на Севере (Шенкур., Пинеж. р‑ны Арханг. обл.), в Зауралье, в цетрально-черноземных областях (Горшеченск. р‑н Курск. обл., есть в Курске, Липецке, Орле, Тамбове). В моем исследовании «Северные фамилии» (ежегодник «Этимология». М., 1980) фамилия связана с северным словом труфни (разновидность обуви). В Москве фамилию произносят — Труфа́нов. Но поездка на Север в 1980 г. убедила меня в том, что правильно только Тру́фанов от мужского имени Тру́фан. Такую этимологию указала и Г. Я. Симина. Автор напрасно утверждает, что это название — след новгородской колонизации; в Курской и смежных областях, как сообщил И. Г. Добродомов, форма Труфан обычна, а новгородцы там не бывали. Изменение и → у (Трифон — Труфан) пришло вместе с именем из Византии: графически греческая буква Υ, υ — ипсилон в древнерусском языке могла передаваться и буквой у.
труфни
Труфа́нов
Тру́фанов
Тру́фан
Труфан
и
у
Трифон
Труфан
у
Трушицын
Трушицын
Возможна связь со словом трушица — «мелочь, сор» (из труха, чередование х — ш, ср.: уха — ушица, муха — мушка).
трушица
труха
х
ш
уха
ушица