Установлением числа и размера стипендий в пределах назначаемой суммы, а также распределением этих стипендий по учебным заведениям занимался Главноначальствующий гражданской частью на Кавказе, по соглашению с соответствующими Министерствами[2491]. В связи с большими материальными расходами на обучение кавказских воспитанников в 1867 году были утверждены изменения существовавших постановлений о кавказских воспитанниках. В частности, было сокращено количество вакантных мест в университетах и институтах, а также уменьшено число выделяемых государством средств для обучения уроженцев Кавказа[2492].
Многие «кавказские стипендии» в высших учебных заведениях империи долгое время оказывались невостребованными. В 1870 году оставались незамещёнными в Санкт-Петербургском университете 2 вакансии; в Московском университете на историко-филологическом факультете — 2, на медицинском — 4, на физико-математическом и юридическом факультетах — 7; в Новороссийском университете — 3; в Историко-филологическом институте — 2; в училище правоведения — 6; в Институте инженеров путей сообщения — 4 и т. д.
Это объяснялось тем, что учебные планы для кавказских гимназий, в том числе Ставропольской, включали в себя региональный компонент, содержание которого было определено спецификой края. В следствие этого выпускники Ставропольской гимназии, как правило, оказывались не готовы к университетским занятиям. Для решения данной проблемы кавказским уроженцам предоставлялся один льготный год, в течение которого студенты изучали латынь, греческий язык и другие предметы, по которым требовался более высокий уровень подготовки. Теоретически кавказские воспитанники имели возможность продолжить учёбу и в высших военных учебных заведениях, но на практике это случалось довольно редко[2493].
17 октября 1867 года Александр II утвердил количество вакантных казённых мест для кавказских воспитанников, в столичном Петербургском университете. Их было выделено всего 5 — на факультете восточных языков. Указом императора в этом университете горцы освобождались от изучения славянских языков и экзаменов по данному предмету. В списке стипендиатов Кавказского комитета, состоявшим в числе студентов Петербургского университета числился Ахундов Исмаил, учившийся на юридическом факультете[2494].
В 1902 году было организовано Кавказское общество вспомоществования студентов университетов и других вузов, Устав которого был утверждён распоряжением Министерства внутренних дел 26 февраля 1902 года. Общество оказывало помощь студентам в виде внесения в высшие учебные заведения платы за слушание лекций, в выдаче пособий студентам, единовременных и постоянных[2495].