В то время партизаны там наносили чувствительные удары по армии Хорватии – союзницы Германии. Германское командование приняло решение очистить горы Козара от партизан.

Л. М. Млечин по этому поводу пишет:

«Сражение продолжалось несколько недель. Партизаны отчаянно сопротивлялись. Немцы уничтожили несколько десятков тысяч человек, остальных депортировали. Вальдхайм вместе с другими офицерами решал судьбу боснийцев: физически крепких отправляли на работу в Рейх, слабых отдавали хорватской полиции на уничтожение.

Вальдхайма включили в список отличившихся офицеров. Глава профашистской Хорватии Анте Павелич наградил его серебряной медалью короля Звонимира с дубовыми листьями “За мужество, проявленное в боях с мятежниками”.

Вальдхайм утверждал потом, что медаль хорваты давали всем штабным офицерам без разбора. Однако до него медали удостоились всего пять офицеров из всей немецкой дивизии, в которой он служил.

В апреле 1944 года обер-лейтенант Вальдхайм без отрыва от военной службы защитил докторскую диссертацию, в которой именовал нацистскую Германию “спасителем Европы”.

В армии новоиспеченный доктор права тоже успешно продвигался по служебной лестнице. Его перевели в штаб группы армий “Е”, расположенной в Греции. Вальдхайм, аккуратный и исполнительный офицер оперативного отдела, вел дневник военных действий. Приказы и донесения о депортации евреев из Греции, о карательных акциях против партизан, о массовой высылке гражданского населения проходили через его руки.