Фома Аквинский применяет учение Аристотеля о четырех причинах, но вносит в него существенные коррективы. Говоря о материальной причине, Фома не согласен с положением Аристотеля о вечности первоматерии. По Аристотелю, первоматерия абсолютно пассивна, является чистой возможностью, не имеет в себе никакого формального начала и потому никакой способности к действию. Фома Аквинский видит противоречие в том, что первоматерия, с одной стороны, абсолютно пассивна и является абсолютной возможностью, а с другой — что она существует вечно. По Фоме, невозможно представить себе, чтобы абсолютно пассивная первоматерия существовала вечно, ибо существовать вечно — это значит существовать самостоятельно, что подразумевает некоторую способность к действию. Если первоматерия абсолютно пассивна, то она не имеет в себе способности к существованию, а значит должна получить ее не от себя, а от чистой действительности, каковой является Бог. Поэтому первоматерия должна быть сотворена Богом.

Творя материю, Бог творит ее всю сразу Своей доброй волей, а не вследствие Своей природы (возражение против учения об эманации, которое предполагает, что природа Бога такова, что Он не может не творить), однако воля Бога, по Фоме, не противоречит разуму Бога. Бог един, Он прост, и поэтому воля и разум Бога есть, собственно, одно и то же. Творя материю, Бог не может творить ее в противоречии с некоторыми разумными установками. В частности, творя мир, Бог не может нарушить закон непротиворечия.

Развивая эту мысль, Фома говорит, что Бог не может сделать многое, ибо в таком случае воля Бога вступала бы в противоречие с Его разумом. Например, Бог не может, говорит Фома, изменить сумму углов треугольника, сделать бывшее небывшим, изменить Себя, уничтожить Себя, лишить человека души, сотворить другого Бога, впасть в грех и т. д.

Бог не только творит мир, но и всегда управляет им. Все в мире подчинено Божественному Промыслу. Фома Аквинский не деист, каковыми будут многие ученые и философы XVII в., утверждавшие, что Бог сообщает миру первотолчок, а далее в дела мира не вмешивается. Эту же деистскую концепцию исповедовали и латинские аверроисты. Однако Фома возражает и Августину, который утверждал, что Бог непосредственно управляет всем миром и всеми событиями в нем. По Фоме, существует иерархия причин, и в конце концов все сводится к высшей Божественной причине. Существуют естественные причины, и Бог действует через них. Но в каждом человеке есть и свободная причинность, и Бог может управлять миром посредством воздействия на человеческую волю, но это воздействие не противоречит свободе человека, так же как и воздействие Бога на тела не противоречит тому, что эти тела имеют и свою собственную способность к действию. Поэтому Бог творит мир и управляет миром посредством Им же созданных законов, которые являются содержимым Божественной мысли, содержатся в уме Бога.