В этом и состоит заслуга христианства — в нем разум получил надлежащую опору на откровение. До христианства люди пользовались разумом самостоятельно, но одни опирались только на разум, как, например, египетские жрецы, другие же, подобно Соломону, просили у Бога разум — и по своим молитвам получали его.

В человеке разум и вера отличаются, в Боге же вера и разум полностью совпадают. Поэтому человек не может познать Бога полностью, ибо его разум отличается от Божественного. В отличие от Фомы Аквинского, который говорил, что человеку врождена лишь возможность идеи Бога, Бонавентура утверждал, что человеку врождена сама идея Бога, ясно и четко, хотя и неполно. Поэтому философия может сотрудничать с верой, с религией. Философия есть этап на пути к Богу.

Бог познаваем, и существует два пути познания Бога. Первый путь исходит из врожденности душе идеи Бога. Человеку явлено существование Бога, но не явлена Его сущность. Возникает вопрос: почему тогда существуют язычники — люди, верящие в Бога неправильно? На это Бонавентура отвечает, что даже те, которые верят в Бога неправильно, они все равно в Бога верят, верят в Его существование. Человеку врождена идея существования Бога, но не идея Его сущности. Бог есть истина, а человеческий разум стремится к истине и, следовательно, любит истину. Но невозможно любить то, чего не знаешь. Если человек любит истину, он ее уже знает, а невозможно знать то, чем ты не обладаешь. Следовательно, человек обладает идеей истины, т. е. идеей Бога. На основании врожденности идеи Бога возможно онтологическое доказательство бытия Бога. У Бонавентуры это доказательство принимает очень простой, почти тривиальный вид: «Если Бог есть Бог, то Бог есть, но посылка настолько верна, что ее нельзя помыслить неверной. Следовательно, бытие Божие есть несомненная истина». Иначе говоря, если Бог — это действительно совершенное существо, более Которого ничего нельзя помыслить, то Бог существует.

Второй путь познания Бога — при помощи чувственного мира, ибо вещи несамодостаточны, они не могут существовать самостоятельно, для этого необходимо существование Бога. Второй способ познания Бога для Бонавентуры не столь совершенный, как первый, ибо любое доказательство, идущее от внешнего мира, лишь помогает развить врожденную душе идею Бога. Поэтому второй путь приводит к первому.

Одна из основных проблем философии для Бонавентуры — это проблема творения. Точнее, Бонавентура указывал, что для философии существует только три основных проблемы: это проблема творения, проблема индивидуации (существования множественности вещей) и проблема иллюминации (освещение Божественным светом истины человеческой души).