Отдельный момент — отношение Бога и мира. По платоновско-августианской традиции, более принятой во францисканском ордене, Дунс Скот разделяет мнение о существовании в Боге некоторых идей. Однако и здесь Иоанн Дунс Скот отходит от позиции блж. Августина и считает, что идеи как таковые не существуют ни вне Бога, ни в уме Бога — идеи как некоторые сущности. Вне Бога идеи не могут существовать потому, что они вечны, а это противоречило бы сотворенности мира, а в Боге они не могут существовать, потому что это нарушало бы принцип простоты Бога. Идеи существуют в Боге только как Его мысли, но не как какие-то отдельные сущности.

В качестве мыслей Бога идеи не сотворены, но и не творят. Они есть не что иное, как мысли Бога, и их бытие поэтому относительно и зависит от Божественной воли. Эти идеи действуют в отношении мира постольку, поскольку действует Сам Бог, поскольку Бог мыслит. Поэтому идеи как таковые ничем не отличаются от мысли Бога.

Фома Аквинский утверждал, говоря о Боге, что Бог не может многое, поскольку Его воля не может противоречить Его собственному знанию. Практически то же самое говорит Иоанн Дунс Скот, хотя исследователи часто упрекают, что он ставит Божественную волю на первое место. Дунс Скот действительно говорит, что воля главенствует над знанием, но тем не менее он указывает, что хотя Бог может все, однако Он не делает многого: например, не нарушает принципа тождества, одного из важнейших постулатов логики, потому что Бог не хочет этого. Но этот божественный волюнтаризм не является таким уж волюнтаризмом, просто воля Бога и Его разум — одно и то же, ведь в Боге Его воля и разум совпадают.

Говоря о взаимоотношении Бога и мира, естественно, нельзя обойти проблему материи. Поскольку наш мир материален, то возникает проблема познания материи и ее существования как отдельного начала, отношения материи и формы и другие проблемы. Фома Аквинский утверждал, что материя противоположна форме и является одной из двух составляющих, из которых состоит тело. Тело состоит из материи и формы. Иоанн Дунс Скот заявляет, что говорить о материи просто как о противоположности форме некорректно и неправильно. Если мы говорим о материи, то это означает уже, что материя существует, поэтому материя имеет и свою сущность. Иначе бессмысленно говорить, что вещь состоит из материи и формы. И если мы говорим, что Бог сотворил материю, значит Бог сотворил ее, имея некоторую идею о материи, что еще раз подтверждает возможность существования материи без формы.

Такая материя без формы может существовать, даже может познаваться, но не человеком. Человек познаёт лишь формы, и поэтому материя в познании ему не дается. Материя, как указано в книге Бытия, творится раньше формы, поэтому для Иоанна Дунса Скота материя даже имеет некоторый приоритет перед формой, ибо она существует до формы. А поскольку она существовала раньше формы и может существовать отдельно, то и принципом индивидуации, т. е. тем, что придает вещам индивидуальный характер, материя быть не может.