После смерти Ярослава Мудрого (1054) Муромские земли вошли в состав владений Святослава Черниговского.

Вскоре за право управлять Муромскими землями развернулась ожесточенная борьба между сыном Владимира Мономаха Изяславом и черниговским князем Олегом, который в 1096 году одержал победу над Изяславом. Муромские горожане признали киязем сначала Олега, а затем его брата Ярослава Святославовича (1097 - 1129).

К началу XII столетия Муром стал центром независимого от Чернигова Муромо-Рязанского княжества, территория которого простиралась от Муромской округи на востоке до низовьев Москвы-реки на западе и обширных земель к югу от Оки.

На территории княжества находилось много городов, в том числе Рязань, Пронск, Рославль, Коломна. В этих городах велась торговля, процветали различные ремесла.

Приблизительно в то время началась и христианизация Муромского края. Однако жители города не сразу приняли христианство, поэтому муромский князь Глеб поселился вблизи города на территории будущего Спасского монастыря, где он сделал укрепления и выстроил двор.

По летописным источникам Спасский монастырь впервые упоминается под 1096 годом.

К сожалению, до нас не дошло ни одной постройки этого времени ни на территории «старого вышнего городища», ни на территории кремля, ни на территории Спасского монастыря. Часть из этих сооружений, как можно предполагать по найденным обломкам белокаменных колонн и капителей при реставрации Богородицкого собора в 1873 г., относится к XII веку.

На основании этого можно сделать вывод о том, что некоторые здания были белокаменными.

В середине XII века в итоге междоусобицы между Ярославичами Муромо-Рязанское княжество разделилось па два, в связи с чем Мурому пришлось искать сильных покровителей в лице владимирских князей.

В 1237 году из-за предательства великого князя владимирского Георгия Муром, а также Рязань, Пропек были разгромлены Батыем. Через два года Батый вновь подверг Муром разгрому. «Обеспамятствовавшие жители, - сообщает летопись, - не могли нигде найти безопасность: матери плакали о детях, перед их глазами растоптанных конями татарскими; живые завидовали спокойствию мертвых». После этого татары неоднократно подвергали опустошению Муром и окрестности.

Так, в 1257 году после разгрома города селения в окрестностях Мурома были отданы на откуп восточным купцам, отличавшимся корыстолюбием и жестокостью.

После погромов 1281, 1288 и 1293 гг. уцелевшие жители Мурома покинули сожженный и разрушенный город и поселились в районе так называемого Чаадаевского городка, к северу от Мурома по направлению к селу Борисоглебу.