Подобные противоречия, сопутствующие деятельности ученого, не позволили Д. И. Менделееву в дальнейшем участвовать в работе Артиллерийского комитета Военного министерства. Дмитрий Иванович в дружеской беседе с И. М. Чельцовым говорил: «…не лежит моя душа к этим Софиано, Каминским и тому подобным деятелям». Однако автору разработки состава отечественно бездымного пороха все же удалось убедить морского министра адмирала Чихачева в необходимости обустройства на территории Новой Голландии Опытового бассейна. Опытовый бассейн представлял собой гидродинамическую лабораторию, предназначенную для измерения сил, действующих на модель судна (или его отдельные элементы), буксируемую в жидкости по заданной траектории, или для изучения параметров движения модели под действием заданных сил. В практике судостроения в разных странах уже существовали, в зависимости от задачи эксперимента, буксировочные, ледовые, маневренные, циркуляционные мореходные бассейны.
Распоряжением управляющего Морским министерством в конце 1891 года в Англию специально командировали корабельного инженера А. А. Грехнева с предписанием ознакомиться с конструктивными особенностями и работой аналогичного исследовательского бассейна конструктора В. Фруда, действовавшего в английском городе Торбей, на побережье пролива Ла-Манш. А. А. Грехнев добросовестно справился с поручением адмирала Чихачева и даже приложил к отчету о командировке в Англию подробный план испытательного бассейна и детальный перечень необходимых механизмов и лабораторного оборудования для его оснащения и эксплуатации.
Первоначально предполагали разместить Опытовый бассейн в Новом Адмиралтействе, однако из-за отсутствия в нем свободного места решили построить его в Новой Голландии, позади строения мясосольной, вдоль Адмиралтейского канала. В качестве образца русскими строителями был выбран английский Опытовый бассейн, существовавший тогда в Хасларе. При проектировании и строительства российского объекта все же учитывали, что находящиеся в нем модели могли быть более крупных размеров, чем модели, испытывавшиеся в британском бассейне. Над первым Опытовым бассейном Новой Голландии соорудили одноэтажное кирпичное здание на прочном каменном фундаменте, с одинаковыми смотровыми окнами. Длина водного ковша бассейна составляла 120 м, при его ширине 6,7 м, глубина водоема во всех точках равнялась 3 м. В соответствии с архивными документами РГА ВМФ общая стоимость Опытового бассейна Новой Голландии на момент его торжественного открытия оценивалась довольно крупной денежной суммой. На его постройку израсходовали 210 000 рублей.