На первых порах обер-полицмейстерской деятельности светски образованный и вежливый со всеми граф распорядился поменять местами четные и нечетные номерные знаки на городских зданиях и переименовать улицы с тождественными названиями. На этих новшествах его «активная» реформаторская деятельность практически завершилась, и дела столичной полиции вновь вошли в привычную, годами обкатанную колею. В 1860 г. граф П.А. Шувалов с облегчением оставляет кресло столичного обер-полицмейстера и принимает новое назначение на место директора Департамента общих дел Министерства внутренних дел. На этом ответственном государственном посту Петр Андреевич сразу же примкнул к группе лиц, выступающих против отмены крепостного права. Эту группу тогда активно возглавлял князь А.С. Меншиков.
Впрочем, это не помешало царю-реформатору наградить своего любимца золотой медалью «За труды по освобождению крестьян», а позже, в 1861 г., назначить графа Петра Андреевича начальником штаба Корпуса жандармов. Через пять лет персональным указом Александра II граф Шувалов становится главным начальником Третьего отделения.
Период работы графа П.А. Шувалова на этом посту с 1866 по 1873 г. является вершиной его могущества. Однако для многих до сих пор остается непонятным, почему граф Петр Андреевич, являясь непосредственным советником российского императора, его «ближайшим боярином», оставался стойким противником александровских умеренно-либеральных преобразований, ознаменовавших первое десятилетие царствования императора Александра Николаевича.
Считается, что деятельность графа П.А. Шувалова и его единомышленников – российских министров и сановников, употребивших все силы и влияние, чтобы воспрепятствовать проводимым реформам, заставила царя-освободителя, планировавшего продолжить реформы 1860-х гг., но уставшего от постоянного напряжения и нетерпимости к их внедрению, взять «тайм-аут», приостановить движение вперед, потерять столь необходимый темп и тем самым погубить весь начатый в России реформаторский процесс.
Ближайший друг графа П.А. Шувалова – государственный секретарь А.А. Половцев, человек не разделяющий намерений государя в проведении реформ, с горечью вспоминал: «Взвалившая на себя непомерную ношу борьбы с нараставшим „либерализмом“ русского общества графская четверка (граф П.А. Шувалов, граф К.И. Пален, граф Д.А. Толстой и граф А.П. Бобринский. –