По содержанию и стилю «Каталог гор и морей» распадается на две резко отличные друг от друга части: первую, называемую в литературе «Каталог гор», или «Каталог Пяти сокровенных [гор]» («Шань цзин», или «У цзан цзин» — первые 5 цзюаней), и вторую — «Каталог морей» («Хай цзин» — 13 остальных цзюаней). Основным содержанием первой части, составляющей по объему примерно две трети всего памятника, является описание континентального Китая (подробнее об ареале будет сказано ниже) с элементами зоогеографии, ботанической географии, народной медицины, народных верований и мифологии. Во второй части — в виде лапидарных перечней и отдельных фрагментов — даются сведения о землях и народах, которые, согласно цинь-ханьской синоцентрической концепции, находились на окраинных землях и за пределами обитаемого мира. Эти сведения — по большей части мифологического характера — содержат фрагменты мифов о предках, героях и их генеалогии.

В первой части памятника материал расположен по принципу ориентации пространства по пяти кардинальным точкам, соответственно в нее входят пять каталогов — «Каталог Южных гор», «Каталог Западных гор», «Каталог Северных гор», «Каталог Восточных гор», «Каталог Центральных гор». Как уже говорилось, каждый каталог в свою очередь включает в себя несколько книг (количество их неодинаково по отдельным цзюаням).

«Каталог морей» состоит из 13 каталогов-цзюаней, подразделяемых на самостоятельные части: Каталоги Заморья (VI-IX цзюани), Каталоги Земель внутри морей (X-XIII цзюани), Каталоги Великих пустынь (XIV-XVII цзюани), последнюю часть представляет «Каталог Земель внутри морей» (XVIII цзюань). Материал «Каталога морей», в отличие от «Каталога гор», ориентирован по четырем странам света, что отражено в названиях цзюаней — «Каталог Заморья Юга», «Каталог Заморья Запада», «Каталог Заморья Севера», «Каталог Заморья Востока». Этот же принцип и порядок расположения по странам света сохраняется и в каталогах Земель внутри морей. В каталогах Великих пустынь порядок перечисления иной: сначала идет «Каталог Великих пустынь Востока», затем «Каталог Великих пустынь Юга», «Каталог Великих пустынь Запада» и, наконец, «Каталог Великих пустынь Севера». Отличие в последовательности стран света некоторые ученые связывают с возможностью принадлежности каталогов Великих пустынь к другой местной традиции. Небольшой по объему последний каталог не расчленяется на отдельные части и считается зависимым от X-XIII цзюаней — сборником надписей под утраченными иллюстрациями к ним. Действительно, материал этого последнего свитка в значительной мере дублирует каталоги Земель внутри морей (X-XIII цзюани), но причины этого могут быть и другие (о них речь пойдет ниже).