В феврале 1918 года Валидов вместе с другими членами Башкирского правительства был арестован по распоряжению Оренбургского губернского и Мусульманского военно-революционных комитетов. В начале апреля он был освобождён во время налёта на город белоказаков во главе с атаманом А. И. Дутовым. (Это не помешало ему позднее участвовать в заговоре против атамана.) Вместе с контрреволюционными башкирскими отрядами Валидов присоединился к восстанию чехословацкого корпуса. Оно началось 18 мая 1918 года на огромной территории от Волги до Владивостока, через которую в нескольких десятках железнодорожных эшелонов эвакуировались солдаты и офицеры корпуса. Конечным пунктом эвакуации была Франция. Она же через свою обширную агентурную сеть в рядах корпуса, при поддержке других разведок Антанты и спровоцировала мятеж белочехов. С этого мятежа берёт начало апогей гражданской войны, которая от разрозненных военных конфликтов перерастает в полномасштабные фронтовые действия, сопровождаясь интервенцией почти полутора десятков государств.

Защитники Валидова считают, что «неудавшееся соглашение валидовцев с большевистским центром – во многом результат властной неразберихи». Они делают из него чуть ли не социалиста, хотя в башкирской историографии есть публикации, доказывающие, что Валидов отстаивал исключительно интересы национальной буржуазии. Сегодняшняя политическая конъюнктура заставляет многих исследователей-архивистов затушёвывать вскрытую связь этого деятеля с антисоветскими и антикоммунистическими турецкими кругами. Но имеются и довольно жёсткие оценки. Например: «Башкирские националисты во главе с Заки Валидовым пытались отколоть Башкирию от Советской России путём пропаганды Туранского царства и лозунга «Башкирия – для башкир». Татарские историки полагают, что в результате сепаратистских действий валидовцев так и не получила воплощения самая оптимальная форма федеративной государственности двух братских народов – Татаро-Башкирская Советская Республика, решение о которой было принято ленинским правительством в марте 1918 года.

Как свидетельствуют документы того времени, среди мусульман действительно усилилась тяга к интеграции на фоне раскола российского общества. Мусульманским либералам принадлежит выдвинутое ими тогда же в Казани предложение создать единую Тюркскую федеративную республику из нескольких штатов: в Крыму, Казахстане, Туркестане, Поволжье, на Урале и на Кавказе. Из этого предложения явственно торчали ослиные уши пантюркистов.