В 1795 году Суворов писал Дерибасу: «А покамест пусть цветет Ваш Гаджи-бей; увеличивайте флот, штурмуйте Византийский пролив, как некогда Дунай»[383]. Однако вместо Византийского пролива Иосиф Дерибас вскоре после смерти Екатерины II и восшествия на престол Павла I должен был сложить с себя градоправи-тельство и отправиться в столицу.
При императоре Павле I Дерибаса как человека, сделавшего карьеру при Екатерине II, казалось бы, должна была ждать опала. Между тем очередной раз ему удалось расположить к себе человека, от которого зависела его судьба. Возможно, не последнюю роль сыграл тот факт, что Дерибас с давних пор был кавалером Мальтийского ордена и, зная благосклонное отношение к этому ордену императора, при первой же встрече разыграл нужную карту. Можно также предположить, что слухи о недобросовестности основателя Одессы в финансовых делах и о крупных растратах не подтвердились. Иосиф Дерибас был назначен генерал-кригскомиссаром, членом Адмиралтейств-коллегии и управляющим Лесным департаментом. На следующий год он стал помощником вице-президента Адмиралтейств-коллегии, а в 1799 году неожиданно для многих получил чин адмирала.
В то же время по возвращении из Одессы Дерибас возобновил дружеские отношения с вице-канцлером графом Никитой Петровичем Паниным, генерал-губернатором графом Петром Алексеевичем Паленом и английским послом сэром Витвортом, с которыми близко сошелся еще в юности, в первые годы своего пребывания в Петербурге, и, по-видимому, был посвящен в подробности заговора против Павла I.
В деле о цареубийстве И марта 1801 года нет достоверных сведений ни об участии Дерибаса в готовящемся заговоре (хотя он вполне мог ему сочувствовать), ни об отравлении его заговорщиками, опасавшимися разоблачений со стороны Дерибаса или же мстящими ему за предательство. В то же время благосклонность императора к Дерибасу в этом дружеском для него кругу, вне всякого сомнения, воспринималась настороженно. Заговорщиков не могло не беспокоить и то обстоятельство, что ввиду болезненного состояния вице-президента Адмиралтейств-коллегии Голенищева-Кутузова Дерибас, его помощник, получил возможность регулярно являться к Павлу I с личными докладами.
По другой версии, основанием для которой являются некоторые воспоминания как участников заговора, так и осведомленных современников, план перемены царствования именно им и Паниным и был составлен. Как бы то ни было, в исполнении заговора Дерибас уже не участвовал. Он скоропостижно умер в расцвете сил в возрасте пятидесяти одного года 2 декабря 1800 года. Похоронен Иосиф Дерибас на Смоленском лютеранском кладбище в Петербурге.